Arrêt de longue durée : indemnités limitées à un an

Un salarié arrêté plus de six mois pour une maladie qui n’ouvre pas la prise en charge à 100 % de ses soins pouvait jusqu’ici recevoir des indemnités journalières pendant trois ans, dès lors que la caisse l’avait admis au régime des affections de longue durée. Pour les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026, la caisse cesse de les verser au bout d’un an. Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, publié au Journal officiel du 18 septembre, vise aussi les arrêts en cours le 15 octobre qui atteignent six mois d’incapacité après cette date ; ceux qui comptaient déjà plus de six mois restent indemnisés trois ans au plus. Les salariés atteints d’une affection de longue durée qui les exonère de leurs frais de soins gardent leurs trois ans dans tous les cas.

Trois ans, un an

Le code de la sécurité sociale borne de deux manières les indemnités journalières d’un arrêt maladie. Pour un arrêt ordinaire, l’assuré ne peut en recevoir plus de 360 sur une période quelconque de trois ans, toutes maladies confondues. Pour celui qui relève de la procédure des affections de longue durée, l’indemnisation se compte de date à date pour chaque affection, et elle courait jusqu’ici pendant trois ans au plus (articles L. 323-1 et R. 323-1). Cette procédure, prévue à l’article L. 324-1, repose sur un protocole de soins que le médecin traitant établit et que le service du contrôle médical de la caisse valide ; l’assuré s’y engage à suivre son traitement, à se soumettre aux contrôles et à s’abstenir de toute activité non autorisée.

Affection de longue durée non exonérante: Affection qui impose un arrêt de travail ou des soins continus prolongés, au-delà de six mois en pratique, et relève à ce titre de la procédure de l’article L. 324-1 du code de la sécurité sociale (article R. 324-1). Elle ne figure pas parmi les affections qui suppriment la participation de l’assuré à ses frais de soins, ce que la pratique appelle le ticket modérateur : celles de la liste des affections de longue durée, et l’affection grave hors liste ou les affections multiples reconnues par le contrôle médical (article L. 160-14, 3° et 4°).

Le décret distingue désormais selon la prise en charge des soins. L’assuré dont la participation est supprimée ou limitée au titre d’une affection de longue durée exonérante garde une durée maximale de trois ans (article R. 323-1, 2°, a). Celui dont la participation ne l’est pas tombe à un an, et s’il reprend le travail, il doit avoir travaillé pendant un an pour qu’un nouveau délai d’un an s’ouvre (article R. 323-1, 2°, b). La notice du décret présente la mesure comme la réduction d’une « durée maximale dérogatoire d’indemnisation », et le mot est juste : ramené à un an, ce régime ne donne plus guère davantage que les 360 indemnités sur trois ans d’un arrêt ordinaire.

Pour l’employeur, l’effet le plus tangible touche le temps partiel thérapeutique, qui permet au salarié de reprendre à horaire réduit en conservant une part de ses indemnités : il ne peut prolonger leur versement de plus d’un an au-delà de cette durée (article R. 323-3), si bien qu’un mi-temps envisagé pour deux ans doit être construit sur un seul. La carence de la caisse, qui ne paie les indemnités qu’à partir du quatrième jour d’arrêt, ne jouait qu’au premier des arrêts dus à une même affection pendant trois ans ; elle ne s’efface plus pour les arrêts suivants que pendant la durée d’indemnisation, soit un an (article R. 323-1, 1°). La même borne s’applique aux indemnités versées pendant une convention de rééducation professionnelle en entreprise, que l’employeur signe avec le salarié et la caisse (article R. 323-3-1). Le décret permet enfin, depuis le 19 septembre 2026, de pénaliser l’assuré qui abuse de sa qualité pour obtenir un arrêt de travail injustifié (article R. 147-6).

Les arrêts qui basculent

Pour une affection de longue durée non exonérante, la durée dépend de la date de l’arrêt et de la situation du salarié au 15 octobre 2026 (article 3 du décret). L’affection exonérante, elle, garde ses trois ans quelle que soit la date.

Situation de l’arrêt, affection de longue durée non exonérante	Durée maximale des indemnités
Arrêt prescrit à compter du 15 octobre 2026	un an
Arrêt en cours le 15 octobre 2026, qui atteint six mois d’incapacité après cette date	un an
Arrêt en cours le 15 octobre 2026, qui comptait déjà plus de six mois à cette date	trois ans
Salarié admis le 15 octobre 2026 à la procédure de l’article L. 324-1, y compris pour ses arrêts prescrits ensuite	trois ans, jusqu’au terme de la période en cours

Ces périodes de trois ans, toutes ouvertes par des arrêts antérieurs au 15 octobre 2026, s’achèveront avant le 15 octobre 2029.

Le motif médical de l’arrêt reste couvert par le secret, et vous ne pouvez pas exiger de connaître l’affection ni la manière dont la caisse la prend en charge. Vous apprendrez donc le plus souvent la fin des indemnités par ses effets : en subrogation, c’est-à-dire quand vous maintenez le salaire et percevez les indemnités à la place du salarié, les versements de la caisse s’arrêtent ; hors subrogation, c’est le salarié qui vous le dira, ou votre assureur de prévoyance.

Votre contrat et votre complément de salaire

L’arrêt de travail continue de suspendre le contrat tant qu’un médecin le prescrit, que la caisse paie ou non. Le salarié reste dispensé de venir, son absence reste justifiée, et un licenciement fondé sur son état de santé serait nul (articles L. 1132-1 et L. 1132-4 du code du travail). Un licenciement pour un motif étranger à la santé, une faute ou un motif économique, reste possible pendant l’arrêt ; le seul qui tienne à l’absence elle-même suppose la désorganisation de l’entreprise et la nécessité d’un remplacement définitif, dont la Cour de cassation fixe strictement les conditions et que l’absence prolongée pour maladie détaille.

Votre obligation légale de compléter les indemnités s’est éteinte bien avant, pour une raison de calendrier. Le complément de l’article L. 1226-1 porte la rémunération à 90 % du brut pendant trente jours, puis aux deux tiers pendant trente jours, durées que l’ancienneté allonge de dix jours par tranche de cinq ans jusqu’à 90 jours chacune, et qui se comptent sur douze mois glissants (articles D. 1226-1, D. 1226-2 et D. 1226-4). Même pour un salarié de plus de trente et un ans d’ancienneté, il s’épuise après six mois d’indemnisation, carence comprise un peu plus : sur un arrêt continu, le complément de salaire que la loi vous impose a cessé bien avant que la caisse arrête de payer. La rechute appelle une réserve. Le complément n’est dû qu’au salarié « pris en charge par la sécurité sociale » (article L. 1226-1, 2°) : celui qui retombe malade de la même affection avant un an de reprise n’a plus d’indemnités journalières, et nous lisons le texte comme le privant aussi du complément légal, faute de décision qui l’ait encore tranché.

Maintien conventionnel et prévoyance : la condition qui décide

La question se déplace sur ce que votre convention collective et votre contrat de prévoyance ajoutent à la loi. Beaucoup prolongent le maintien de salaire ou versent une indemnité d’incapacité au-delà du complément légal, et leur rédaction décide de ce qui se passe quand les indemnités de la caisse cessent. Une garantie servie « en complément » ou « sous déduction » des indemnités journalières, ou réservée à l’assuré qui les perçoit, peut s’arrêter avec elles ; une garantie qui ne pose que la condition d’un arrêt de travail médicalement constaté continue. Aucune règle commune ne s’impose ici aux contrats, et seules les conditions générales et l’accord de branche tranchent.

En subrogation, la caisse ne vous rembourse plus rien à compter du jour où elle cesse de verser les indemnités : un maintien de salaire que vous continueriez de verser par habitude resterait entièrement à votre charge. Si la garantie de prévoyance s’interrompt alors que l’arrêt dure, le salarié ne perçoit plus rien ni de la caisse ni de l’assureur, et il ne lui reste que la reprise du travail ou une pension d’invalidité.

Les vérifications à mener sur chaque arrêt de plus de six mois

Relever la date de début de l’arrêt et celle à laquelle il atteint un an, en sachant que la caisse seule dira si le régime d’un an s’applique.
Relire la garantie d’incapacité de la convention collective et du contrat de prévoyance, et noter si elle dépend du versement des indemnités journalières.
En subrogation, arrêter tout maintien de salaire à la date où la caisse cesse ses versements, sauf garantie conventionnelle qui l’impose.
Interroger l’assureur de prévoyance sur la suite qu’il donne à la fin des indemnités, avant qu’elle survienne.

Quand les indemnités s’arrêtent

L’invalidité s’apprécie notamment à l’expiration de la période d’indemnisation (article L. 341-3, 2°). Elle suppose, outre des conditions d’affiliation et de cotisation, une réduction d’au moins deux tiers de la capacité de travail ou de gain (article R. 341-2). La caisse notifie au salarié sa décision de lui servir une pension ; à défaut d’initiative de sa part, le salarié peut la demander dans les douze mois qui suivent la date à laquelle elle a cessé de lui verser des indemnités (article R. 341-8). Celui qui ne remplit pas ces conditions n’a plus d’indemnité de la caisse, et la question de sa reprise se pose un an après le début de l’arrêt, là où elle se posait au bout de trois.

La reprise passe par le médecin du travail. Vous devez informer le salarié arrêté plus de trente jours qu’il peut demander une visite de préreprise (articles L. 4624-2-4 et R. 4624-29), et c’est le moment d’étudier l’aménagement de son poste. Après soixante jours d’arrêt, la visite de reprise a lieu le jour du retour ou dans les huit jours qui suivent, sauf si une visite de préreprise tenue dans les trente jours précédents a conclu qu’aucun aménagement n’était nécessaire et que personne ne la demande (article R. 4624-31) : le médecin y préconise l’aménagement du poste ou du temps de travail, ou déclare le salarié inapte. Dans ce dernier cas, si vous ne l’avez ni reclassé ni licencié un mois après l’examen de reprise, vous lui devez de nouveau son salaire (article L. 1226-4).

Arrêt de longue durée : indemnités limitées à un an

Ce que l'employeur doit retenir

Trois ans, un an

Les arrêts qui basculent

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Maintien conventionnel et prévoyance : la condition qui décide

Quand les indemnités s’arrêtent

Sources officielles

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