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Guide de référence

Arrêt maladie d’un salarié : ce que l’employeur doit, peut et ne peut pas faire

Ce que vous allez lire Ce que la suspension arrête et ce qu’elle laisse courir, votre part dans le maintien de salaire, les contrôles ouverts à l’employeur, l’absence qui s’installe et la reprise.

Ce que vous saurez décider Ce que vous devez verser, ce que vous pouvez contrôler sans franchir la ligne, et le moment où une absence installée appelle une décision.

Notre angle Trois autorités regardent le même arrêt sans appliquer la même règle, et l’employeur qui se trompe se trompe d’abord de terrain.

Farid Zidani Directeur juridique · Mis à jour le 9 septembre 2026
31 min de lecture

Points clés

  • La suspension arrête la prestation de travail et votre pouvoir de direction sur le temps du salarié ; le poste, l’ancienneté et l’obligation de loyauté continuent de courir.
  • Vous complétez les indemnités journalières dès un an d’ancienneté (article L. 1226-1) : 30 jours à 90 % du brut, 30 jours aux deux tiers, durées qui gagnent 10 jours par tranche de 5 ans d’ancienneté jusqu’à 90 jours chacune.
  • Depuis le 27 juin 2026, la fraude avérée aux indemnités journalières dont la caisse vous informe vous délie du maintien de salaire, et vous transmettez ces éléments à votre organisme de prévoyance.
  • Le motif de l’arrêt reste couvert par le secret médical, que le volet employeur ne perce jamais, et une absence régulièrement justifiée échappe au pouvoir disciplinaire.
  • Une activité exercée pendant l’arrêt ne justifie un licenciement que si elle vous cause un préjudice ; devant la caisse, elle suffit à faire restituer les indemnités (article L. 323-6 du code de la sécurité sociale).
  • La visite de reprise vous incombe au-delà de 60 jours d’arrêt, 30 pour un accident du travail, et le décret du 12 juin 2026 vous en dispense lorsqu’une visite de pré-reprise a conclu qu’aucun aménagement n’était nécessaire.
Sommaire du guide
  1. Ce que la suspension arrête, et ce qui continue de courir
  2. Ce que vous devez payer, et ce que la caisse prend en charge
  3. Ce que vous n’avez pas le droit de faire
  4. La frontière de la loyauté
  5. Contrôler un arrêt qui tombe au mauvais moment
  6. Ce que la réforme du 1ᵉʳ septembre 2026 a changé, et ce qu’elle n’a pas touché
  7. Les congés payés continuent de tomber, même à l’arrêt
  8. Quand l’absence s’installe : remplacer, ou se séparer
  9. La reprise : ce que vous devez déclencher, et quand
  10. La méthode EDS : tenir le fil d’un arrêt, de l’avis à la reprise
  11. Les erreurs qui coûtent cher

Le volet d’arrêt arrive un lundi matin, glissé sous une porte de bureau ou tombé dans la messagerie entre deux relances clients. Trois jours, parfois davantage, et pas un mot sur ce dont souffre le salarié. Les questions, elles, arrivent toutes ensemble. Faut-il le payer, et combien ? A-t-il prévenu dans les temps ? Peut-on l’appeler pour savoir ce qu’il a, passer chez lui vérifier qu’il y est, le remplacer pour de bon si l’absence s’installe ? Chacune reçoit en droit une réponse nette, et c’est leur simultanéité qui fabrique les erreurs.

Ces erreurs ont une cause commune que la pratique révèle avant la théorie : l’employeur répond sur le mauvais terrain. Un arrêt de travail met en présence trois autorités qui regardent la même absence sans appliquer la même règle. Le conseil de prud’hommes juge l’exécution du contrat et vous réclamera un préjudice là où vous n’en voyiez pas ; la caisse primaire contrôle son assuré et se contente d’une activité non autorisée, préjudice ou non ; le médecin du travail, quant à lui, décide seul de l’aptitude au retour, sans que ni vous ni la caisse n’ayez voix au chapitre. Un employeur peut ainsi perdre devant la première ce qu’il aurait gagné devant la deuxième, sur des faits rigoureusement identiques.

Rien de tout cela ne plaide pour l’immobilité. Le droit vous reconnaît des pouvoirs réels, étroitement bornés, et il vous impose des obligations précises dont certaines tombent à des moments qu’on n’attend pas, la première dans les quarante-huit heures et la dernière huit jours après le retour. Nous les reprenons dans l’ordre où elles surviennent, de la réception de l’avis jusqu’à la visite de reprise, et chaque terrain qui mérite un développement en propre ouvre au passage la porte du guide qui lui est consacré.

L’essentiel en deux minutes

La règle. L’arrêt suspend le contrat sans le rompre. Vous complétez le salaire, vous ignorez la maladie, vous contrôlez la réalité de l’arrêt sans pouvoir sanctionner l’absence qu’il couvre, et vous déclenchez la visite de reprise au retour.

Le risque chiffré. Un licenciement fondé sur l’état de santé est nul. Le salarié peut demander sa réintégration et, s’il ne la demande pas, obtient au minimum six mois de salaire, sans le plafond du barème (articles L. 1132-4 et L. 1235-3-1).

Le premier geste. Datez la réception de l’avis initial et de chaque prolongation. Sur un arrêt fractionné comme la réforme de septembre 2026 les impose, c’est cette date qui dira ce que vous saviez et à partir de quand vous deviez payer.

Ce que la suspension arrête, et ce qui continue de courir

Tout part d’une idée simple et constamment mécomprise : l’arrêt maladie suspend le contrat de travail sans l’effacer. Le salarié cesse de fournir sa prestation, vous cessez d’exercer votre pouvoir de direction sur son temps, et le reste demeure. Le poste reste le sien, l’ancienneté continue de courir, les congés s’acquièrent, et un fil ténu subsiste entre vous, l’obligation de loyauté, qui survit à la suspension et engage toujours le salarié. Cette qualification commande la suite, jusqu’à la conséquence que les dirigeants intègrent le plus mal : un salarié absent depuis huit mois demeure votre salarié, avec son poste et son ancienneté.

Cette parenthèse s’ouvre sur une formalité à la charge du salarié : transmettre son arrêt. Vers l’Assurance maladie, le délai est de quarante-huit heures, et un envoi tardif lui coûte une fraction de ses indemnités. Vers vous, aucun délai légal ne joue, et c’est votre convention collective ou votre règlement intérieur qui le fixe, le plus souvent autour de ces mêmes quarante-huit heures. Vérifiez ce point une fois pour toutes dans votre convention : c’est l’unique endroit du dossier où votre branche vous laisse écrire la règle, et celui qui l’ignore n’aura rien à reprocher au salarié qui transmet son avis avec dix jours de retard.

Le document qui vous parvient, lui, reste muet sur la maladie. Il atteste d’un arrêt et de sa durée, sans un mot de diagnostic, et ce silence est voulu par le législateur. Depuis septembre 2025, ces avis circulent sur un formulaire sécurisé doté d’étiquettes holographiques, conçu pour endiguer le trafic de faux arrêts qui prospérait sur les réseaux sociaux ; un vieux modèle papier vous serait aujourd’hui retourné par la caisse.

Ce que vous devez payer, et ce que la caisse prend en charge

Le salarié malade perçoit d’abord les indemnités journalières de la Sécurité sociale, que la caisse verse à hauteur de 50 % de son salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond de 1,4 SMIC, soit 42,97 € par jour au maximum depuis le 1ᵉʳ juillet 2026. Un cadre à 4 000 € brut mensuel reçoit ainsi de la caisse, à peu près, le tiers de ce qu’il gagnait. C’est ici que vous entrez en scène, sur celle de vos obligations qui se chiffre à l’euro près.

L’article L. 1226-1 du code du travail, hérité de la loi de mensualisation de 1978, vous oblige à compléter ces indemnités dès que le salarié justifie d’un an d’ancienneté, qu’il a justifié de son incapacité dans les quarante-huit heures, qu’il est pris en charge par la sécurité sociale et qu’il se soigne en France ou dans l’Espace économique européen. Ces quatre conditions se cumulent, et le même article referme aussitôt sur une liste d’exclusions : les travailleurs à domicile, les saisonniers, les intermittents et les salariés temporaires en sont écartés, ce qui n’empêche nullement leur convention collective de leur accorder mieux.

Le taux de ce complément suit une grille réglementaire que peu d’employeurs connaissent au-delà de sa première ligne. Vous portez la rémunération à 90 % du brut pendant les trente premiers jours, puis aux deux tiers pendant les trente suivants (article D. 1226-1), et ces durées s’allongent de dix jours par période entière de cinq ans d’ancienneté acquise au-delà de l’année requise, sans qu’aucune puisse dépasser quatre-vingt-dix jours (article D. 1226-2).

Ancienneté du salariéComplément à 90 % du brutPuis complément aux deux tiers
1 an à moins de 6 ans30 jours30 jours
6 ans à moins de 11 ans40 jours40 jours
11 ans à moins de 16 ans50 jours50 jours
16 ans à moins de 21 ans60 jours60 jours
21 ans à moins de 26 ans70 jours70 jours
26 ans à moins de 31 ans80 jours80 jours
31 ans et au-delà90 jours90 jours

Reste à savoir quand le compteur démarre, et l’article D. 1226-3 distingue selon l’origine de l’absence. En maladie ordinaire, le délai d’indemnisation court au-delà de sept jours d’absence, ce que la pratique appelle la carence et que nombre de conventions collectives réduisent, suppriment ou compensent par un maintien intégral. En accident du travail et en maladie professionnelle, il court dès le premier jour, à l’exclusion expresse de l’accident de trajet : cette exclusion se lit rarement dans les fiches en ligne, et elle décide pourtant du sort des premiers jours d’un salarié tombé sur le verglas entre son domicile et l’entreprise. Pour ne pas avancer cet argent à fonds perdu, vous demandez la subrogation.

Subrogation

Mécanisme par lequel l’employeur perçoit directement, à la place du salarié, les indemnités journalières de la Sécurité sociale. Vous versez au salarié l’intégralité de sa rémunération, et la caisse vous rembourse ensuite sa part. L’avance de trésorerie reste à votre charge, le coût final revient à la caisse.

Au-dessus de ce socle légal, un second étage échappe régulièrement à l’attention, et il coûte cher à qui l’oublie : la prévoyance. Beaucoup de conventions collectives imposent un régime qui prolonge le maintien de salaire lorsque l’arrêt s’étire, là où l’obligation légale s’épuise, et qui couvre l’invalidité comme le décès. Pour vos cadres, la question ne se pose même pas en termes de faculté : l’accord national interprofessionnel du 17 novembre 2017, qui a repris la convention des cadres de 1947, vous impose de cotiser au moins 1,50 % de la tranche 1 de leur rémunération, c’est-à-dire de la part limitée au plafond annuel de la Sécurité sociale, à un régime de prévoyance, dont plus de la moitié affectée au risque décès. La sanction du manquement mérite qu’on s’y arrête : l’employeur qui n’a pas souscrit cette garantie verse lui-même aux ayants droit du cadre décédé un capital égal à trois fois le plafond annuel de la Sécurité sociale. Un oubli administratif se solde alors par une dette à six chiffres, et l’assureur ne la couvre pas puisque aucun contrat n’a jamais été signé.

Une nouveauté du 27 juin 2026 vient enfin desserrer légèrement cette obligation de payer, dans un cas et un seul. L’article L. 1226-1 écarte désormais le maintien de salaire lorsqu’une fraude du salarié destinée à obtenir des indemnités journalières a été avérée et que l’employeur en a été informé. Cette information ne vient ni d’une rumeur d’atelier ni de votre propre enquête : le VI de l’article L. 114-9 du code de la sécurité sociale, issu de la même loi, oblige l’organisme de sécurité sociale à vous transmettre les renseignements et documents strictement nécessaires pour caractériser la fraude, par un moyen qui garantit leur bonne réception. La chaîne se referme sur une obligation qui vous incombe à votre tour, et qui passe inaperçue dans la plupart des commentaires : vous transmettez ces éléments à l’organisme assureur auquel le salarié est affilié, dans des conditions qu’un décret précisera. Le dispositif est neuf, sa mécanique dépend encore de textes d’application, et le réflexe utile aujourd’hui consiste à ne pas jeter le courrier de la caisse qui l’annoncera.

Un mot, pour finir, sur une inquiétude répandue : la réforme des arrêts de travail entrée en vigueur le 1ᵉʳ septembre 2026 n’a pas touché à ce calcul. Elle a découpé les arrêts longs en tranches successives, ce qui multiplie les avis à recevoir et à suivre, quand le maintien de salaire, les indemnités journalières et la subrogation sont demeurés ce qu’ils étaient.

Ce que vous n’avez pas le droit de faire

Trois interdits bornent votre conduite pendant l’arrêt, et les franchir fait basculer l’employeur légitime dans l’illégalité.

Le motif médical, d’abord, échappe à votre curiosité. Vous ne pouvez ni interroger le salarié sur sa pathologie, ni joindre son médecin traitant, ni subordonner le versement du complément à une explication sur ce dont il souffre. Le secret médical compte parmi les protections les plus fermes du droit du travail, il ne souffre pas l’exception de la bonne foi, et le dirigeant qui appelle « juste pour prendre des nouvelles » se place déjà du mauvais côté de la ligne dès lors que la conversation glisse vers le diagnostic.

Faire travailler le salarié, ensuite, vous est tout autant fermé. L’arrêt a suspendu sa prestation : lui confier un dossier à boucler, quelques courriels à traiter, un client à dépanner, c’est lui faire exécuter le travail que son arrêt a précisément interrompu. Vous le placez en porte-à-faux avec sa propre caisse, à qui il a déclaré une incapacité de travailler, et vous engagez votre responsabilité pour le préjudice qui en résulte. La suspension ne connaît pas de petit dépannage, et le salarié serviable qui accepte est celui qui produira le courriel à l’audience.

Sanctionner l’absence, enfin, relève du contresens juridique. L’absence couverte par un arrêt régulier n’a rien de fautif, puisqu’elle est la conséquence légale d’un droit du salarié ; vous ne pouvez ni la lui reprocher, ni en faire le socle d’une mesure disciplinaire, ni la retenir contre lui dans un entretien d’évaluation. Ce que vous pouvez contester, le cas échéant, c’est la réalité de l’arrêt lui-même, par les voies de contrôle prévues à cet effet.

La frontière de la loyauté

Le salarié en arrêt vous doit toujours loyauté, et cette loyauté ne le condamne pas à l’inertie pour autant. On trébuche beaucoup dans l’intervalle, parce que deux logiques s’y ressemblent assez pour qu’on les confonde.

Sur le terrain de votre relation de travail, la règle est constante : exercer une activité pendant un arrêt, fût-elle rémunérée, ne caractérise pas en soi un manquement à l’obligation de loyauté. Pour fonder un licenciement, encore vous faut-il un préjudice, que le complément de salaire versé ne suffit pas à établir. Le bricolage, le déménagement d’un proche, une activité bénévole, la pratique d’un sport relèvent de la vie personnelle, que la maladie n’abolit pas. Le terrain disciplinaire ne s’ouvre que lorsque l’acte vous nuit véritablement, par une concurrence déloyale ou par un dommage caractérisé, et c’est ce dommage que la lettre de licenciement devra énoncer.

Une brèche récente, à ne pas surinterpréter

En juin 2025, la Cour de cassation a validé le licenciement d’un salarié qui avait assuré, pendant son arrêt, huit prestations rémunérées de formateur et d’examinateur pour une autre structure, sans exiger de l’employeur la preuve d’un préjudice (Cass. soc., 25 juin 2025, n° 24-16.172). De quoi croire que l’exigence du préjudice a vécu. Ce serait aller trop vite. Ce salarié relevait d’un statut particulier, celui des industries électriques et gazières, dont l’article 22 lui interdisait expressément ce cumul, et c’est la violation répétée de cette règle statutaire, huit fois, qui a fondé la faute. La décision est au surplus inédite, c’est-à-dire non promue en principe par la Cour. Pour l’immense majorité des employeurs, étrangers à ce type de statut, l’exigence d’un préjudice tient toujours, et un dossier bâti sur cet arrêt tombera devant le premier conseiller prud’homal qui en lira les faits.

Sur le terrain de la Sécurité sociale, le raisonnement est tout autre, et bien plus rude pour le salarié. L’article L. 323-6 du code de la sécurité sociale subordonne le service des indemnités journalières à cinq obligations qui pèsent sur l’assuré : observer les prescriptions du praticien, se soumettre aux contrôles du service médical, respecter les heures de sorties autorisées, s’abstenir de toute activité non autorisée et signaler sans délai toute reprise anticipée. La loi du 25 juin 2026 en a ajouté une sixième, taillée pour les contrôles qui tournent court : l’assuré qui réside ailleurs qu’à l’adresse portée sur sa prescription doit indiquer sans délai à la caisse où le contrôle peut avoir lieu. L’inobservation volontaire de l’une de ces obligations emporte restitution des indemnités versées et, lorsque l’activité prohibée a procuré des revenus, une sanction financière prononcée par le directeur de la caisse.

Devant le conseil de prud’hommesDevant la caisse primaire
Ce qui est reproché au salariéun manquement à l’obligation de loyautél’exercice d’une activité que son arrêt n’autorisait pas
Ce qu’il faut démontrerun préjudice subi par l’employeur, que le versement du complément ne suffit pas à établirl’activité elle-même, et son caractère volontaire
Qui engage la procédurel’employeurla caisse, d’office ou après un contrôle
Ce que le salarié encourtun licenciement pour fautela restitution des indemnités, plus une sanction financière si l’activité lui a rapporté
Baseobligation de loyauté pendant la suspensionL. 323-6 et L. 114-17-1 du code de la sécurité sociale

Deux ordres de juridiction étrangers l’un à l’autre jugent le même fait, sans se coordonner ni s’informer : ce que vous perdez devant le conseil de prud’hommes peut coûter très cher au salarié devant sa caisse, sans que ce second résultat vous rapporte quoi que ce soit. L’employeur qui découvre l’activité d’un salarié en arrêt prend donc deux décisions distinctes, que rien ne l’oblige à trancher dans le même sens : engager ou non une procédure chez lui, signaler ou non le fait à la caisse.

Contrôler un arrêt qui tombe au mauvais moment

Le doute, parfois, est permis. Un arrêt qui surgit le lundi après un congé refusé le vendredi, une absence qui cadre mal avec ce que vous savez par ailleurs. Vous n’êtes pas désarmé : la contre-visite médicale est votre levier de contrôle propre, contrepartie directe du complément que vous versez. Vous mandatez un médecin, qui se prononce sur le caractère justifié de l’arrêt et dont l’avis défavorable ouvre deux effets distincts : la suspension de votre complément, que vous décidez, et celle des indemnités journalières, que la caisse seule décide au vu du rapport que ce médecin lui transmet sous quarante-huit heures. Cette passerelle vers le contrôle médical ne doit rien au décret de 2024 : elle figure au II de l’article L. 315-1 du code de la sécurité sociale depuis 2005, et le délai de quarante-huit heures depuis la loi de financement pour 2010. Ce que le décret a écrit, c’est la procédure côté code du travail.

La rançon de ce pouvoir est une procédure stricte, et deux limites que l’on découvre trop souvent après coup. L’avis du médecin contrôleur ne vaut que pour sa date, jamais pour l’avenir, de sorte qu’une prolongation ultérieure rouvre entièrement la question. Et un arrêt jugé injustifié ne vous autorise pas à sanctionner, seulement à cesser de payer : la conclusion du médecin porte sur le bien-fondé médical de l’arrêt, elle ne caractérise aucune faute. L’outil a donc ses règles propres, qu’il vaut mieux connaître avant de le dégainer, et que détaille notre guide sur la contre-visite patronale. Gardez-le distinct du contrôle diligenté par la CPAM, qui appartient à la caisse, porte sur les indemnités et se resserre sur les arrêts longs depuis la réforme.

Ce que la réforme du 1ᵉʳ septembre 2026 a changé, et ce qu’elle n’a pas touché

La réforme inquiète, et rarement pour ce qu’elle a réellement changé. Depuis le 1ᵉʳ septembre 2026, un médecin ne peut plus prescrire un premier arrêt de plus de 31 jours, ni une prolongation de plus de 62, sauf à justifier médicalement la dérogation. Un arrêt long ne vous arrive donc plus d’un bloc mais en tranches successives, chacune appelant un nouvel avis à recevoir et à tracer.

Votre facture, elle, ne bouge pas ; ce sont les coutures du dossier qui se multiplient. Le risque se déplace vers le suivi des prolongations, là où un avis reçu en retard ouvre un trou d’absence non couverte au beau milieu d’un arrêt pourtant réel, avec une paie à régulariser et un salarié qui ne comprend pas pourquoi. Sur un arrêt de six mois, vous manipulerez trois ou quatre avis au lieu d’un seul, et chacun porte sa propre date de réception. La mécanique exacte et la discipline qu’elle impose font l’objet de notre guide dédié à la réforme.

Les congés payés continuent de tomber, même à l’arrêt

Voilà un renversement que bien des employeurs n’ont pas encore intégré. Depuis la loi du 22 avril 2024, un salarié en arrêt acquiert des congés payés, y compris pour une maladie sans lien avec le travail : deux jours ouvrables par mois, dans la limite de vingt-quatre jours par an, et l’acquisition pleine de deux jours et demi lorsque l’arrêt tient à un accident du travail ou à une maladie professionnelle.

Le calcul, vous l’absorberez sans peine. Le piège est ailleurs, et il tient à une obligation d’information dont personne ne parle. À chaque reprise, vous devez informer le salarié du nombre de jours dont il dispose et de la date jusqu’à laquelle il peut les prendre ; faute de quoi le délai de report de quinze mois ne démarre jamais, et ces congés cessent purement et simplement de se périmer. Un salarié parti trois ans revient alors avec un solde intact que vous croyiez éteint. Nous donnons le détail du calcul et le texte à lui adresser au retour dans le guide des congés payés pendant l’arrêt maladie ; un courriel daté suffit à faire courir les quinze mois.

Quand l’absence s’installe : remplacer, ou se séparer

Un arrêt peut s’éterniser, et la question finit par s’imposer d’elle-même : combien de temps tient-on un poste vide ? Le droit pose ici une limite ferme et n’entrouvre qu’une issue étroite. La limite tient dans l’article L. 1132-1 du code du travail, qui range l’état de santé parmi les motifs discriminatoires prohibés : le licenciement qui s’y fonde est nul (article L. 1132-4), et la nullité est la sanction la plus lourde de l’arsenal.

Ne fondez jamais la rupture sur l’état de santé du salarié. Fondez-la sur la désorganisation que son absence produit dans l’entreprise, et tenez la preuve du remplacement.

Ce que coûte un licenciement fondé sur l’état de santé

six mois de salaire au minimum, sans plafond au-delà

Compté
par salarié, l’indemnité s’ajoutant aux indemnités de rupture dues
Manquement visé
licenciement prononcé en raison de l’état de santé du salarié
Prononcé par
le conseil de prud’hommes
Base
L. 1132-1, L. 1132-4 et L. 1235-3-1

Le barème de l’article L. 1235-3, qui plafonne l’indemnisation du licenciement sans cause réelle et sérieuse, est ici hors jeu. Le salarié peut demander la poursuite de son contrat ; s’il ne la demande pas ou si sa réintégration se révèle impossible, le juge lui alloue au moins les salaires des six derniers mois, sans préjudice de l’indemnité de licenciement.

L’issue étroite procède d’une distinction que la Cour de cassation a forgée de longue date : ce qui peut justifier le licenciement tient à la situation objective de l’entreprise que l’absence désorganise, et le juge vérifie que la lettre le dit ainsi. Deux conditions se cumulent alors. La perturbation doit d’abord être réelle, et elle se caractérise d’autant plus vite que l’entreprise est petite et le poste central : dans une TPE de six personnes, l’absence durable du seul salarié qui tienne la caisse ou conduise le camion désorganise l’activité en quelques semaines, quand la même absence passerait inaperçue dans un service de trente. Surtout, cette perturbation doit imposer le remplacement définitif de l’absent (Cour de cassation, 24 mars 2021, n° 19-13.188).

Remplacement définitif

Embauche d’un autre salarié en contrat à durée indéterminée sur le poste que l’absence a laissé vacant, à une date proche du licenciement ou dans un délai que le juge apprécie souverainement. Sans elle, la désorganisation invoquée ne fonde rien.

Le remplacement qui n’en est pas un

La faille classique du licenciement pour absence prolongée, c’est le remplacement bâclé. Un intérimaire le temps d’y voir clair, un collègue qui absorbe la charge, un poste qu’on laisse vacant en attendant des jours meilleurs : aucun de ces montages ne vaut remplacement définitif. Si vous invoquez la désorganisation pour licencier sans recruter personne en contrat à durée indéterminée dans un délai raisonnable, le conseil de prud’hommes écarte le motif et le licenciement devient sans cause réelle et sérieuse. Il lit votre registre du personnel juste après votre lettre.

Le code du travail durcit encore ce régime lorsque l’arrêt naît d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle. Pendant cette suspension, l’article L. 1226-9 réserve la rupture à deux hypothèses, la faute grave du salarié et l’impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l’accident, et la désorganisation causée par l’absence elle-même n’entre dans aucune des deux. Plus l’origine de l’absence engage l’entreprise, plus la porte de sortie se resserre : la rupture prononcée au mépris de ce texte est nulle (article L. 1226-13).

Reste une voie que l’on croit à tort fermée : la sortie négociée. Lorsque la relation est à bout de souffle et que le licenciement pour désorganisation paraît hasardeux, employeur et salarié peuvent convenir d’une rupture conventionnelle, y compris pendant l’arrêt. La Cour de cassation l’a admis dans l’hypothèse même la plus protégée, celle d’un arrêt consécutif à un accident du travail, en jugeant que l’article L. 1226-9 ne prohibe que la rupture unilatérale du contrat (Cass. soc., 30 sept. 2014, n° 13-16.297). Cette liberté vient avec ses réserves, à commencer par la fraude, qui ferait de la rupture l’habillage d’un licenciement prohibé. Vient ensuite le vice du consentement, que l’avocat du salarié soulèvera le premier : un salarié fragilisé par sa pathologie ou par un traitement lourd offre un terrain où l’altération du consentement se plaide volontiers, et il conserve douze mois à compter de l’homologation pour saisir le conseil de prud’hommes (article L. 1237-14). Ce délai court sans que rien vous en avertisse, et une rupture signée trop vite en août se conteste encore l’été suivant.

La reprise : ce que vous devez déclencher, et quand

La reprise se prépare pendant l’arrêt, et deux visites médicales distinctes en commandent le calendrier. Tant que l’arrêt court, une visite de pré-reprise peut être organisée pour tout arrêt de plus de trente jours, à l’initiative du salarié, de son médecin traitant, du médecin-conseil de la caisse ou du médecin du travail (article R. 4624-29). Elle sert à anticiper l’aménagement du poste, le reclassement ou la formation, avant même que le salarié ne repasse la porte. Vous ne la déclenchez pas ; l’article L. 4624-2-4 vous impose en revanche d’informer le salarié qu’il peut la solliciter, et cette obligation d’information est parmi les plus oubliées du dossier, elle ne coûte qu’un courrier, et elle prend depuis juin 2026 une portée qu’elle n’avait pas.

La visite de reprise, elle, est votre obligation pleine et entière. L’article R. 4624-31 la commande selon l’origine et la durée de l’absence.

Motif de l’absenceCe qui déclenche la visiteFondement
Congé de maternitéaucune condition de duréeR. 4624-31, 1°
Maladie professionnelleaucune condition de duréeR. 4624-31, 2°
Accident du travailabsence d’au moins 30 joursR. 4624-31, 3°
Maladie ou accident non professionnelabsence d’au moins 60 joursR. 4624-31, 4°

Dès que vous connaissez la date de fin de l’arrêt, vous saisissez le service de prévention et de santé au travail, qui organise l’examen le jour de la reprise effective du travail et, au plus tard, dans les huit jours qui suivent. Le médecin du travail y vérifie la compatibilité du poste avec l’état de santé du salarié, examine vos propositions d’aménagement, préconise l’adaptation ou le reclassement, et prononce le cas échéant un avis d’inaptitude qui ouvrira son propre régime, fait d’obligation de reclassement et de délais contraints (article R. 4624-32).

Le décret n° 2026-503 du 12 juin 2026 a ouvert une dispense que la plupart des fiches en ligne n’ont pas encore intégrée, et qui vaut d’être lue mot à mot. La visite de reprise n’est plus requise lorsque deux conditions se trouvent réunies : le salarié a bénéficié d’une visite de pré-reprise dans les trente jours précédant sa reprise effective, et le médecin du travail y a conclu qu’aucune mesure d’aménagement, d’adaptation ou de transformation du poste, non plus qu’aucun aménagement du temps de travail, n’était nécessaire. La dispense tombe dès que le médecin du travail, l’employeur ou le salarié demande tout de même l’examen, et elle ne joue que pour les arrêts délivrés depuis le 13 juin 2026. L’information sur la pré-reprise que l’article L. 4624-2-4 vous impose de délivrer devient dès lors un levier concret, et le compte rendu de cette visite une pièce à conserver, puisque c’est lui qui justifiera l’absence d’examen de reprise si la question se pose un jour.

En dehors de cette hypothèse précise, laisser un salarié reprendre sans la visite due revient à le remettre au travail sans aptitude vérifiée, sur un terrain où votre obligation de sécurité est directement engagée.

La méthode EDS : tenir le fil d’un arrêt, de l’avis à la reprise

Tout ce qui précède se ramène à une discipline, et c’est précisément là qu’une TPE sans service RH décroche. Le droit ne réclame aucun exploit ; il réclame de ne pas perdre le fil d’un dossier qui court sur plusieurs mois et traverse trois régimes.

L’ordre dans lequel nous tenons un dossier d’arrêt

  • Dater la réception de l’avis initial puis de chaque prolongation, et rapprocher ces dates de celles que porte le signalement d’arrêt de la déclaration sociale nominative.
  • Vérifier l’ancienneté et le droit au complément, puis demander la subrogation dès le premier arrêt indemnisé.
  • Contrôler que la couverture de prévoyance prend le relais au terme du maintien légal, pour les cadres comme pour les autres catégories que la convention vise.
  • Décider du contrôle en connaissance de cause : motif consigné par écrit, médecin mandaté, conclusion conservée avec sa date.
  • Suivre les congés acquis pendant l’arrêt et l’information due au retour, délivrée par un moyen daté.
  • Informer le salarié de la possibilité d’une visite de pré-reprise dès que l’arrêt dépasse trente jours, et conserver le compte rendu qu’elle produit.
  • Saisir le service de prévention et de santé au travail dès que la date de reprise est connue.

Deux de ces gestes décident du reste, et le premier est la datation. Sur un arrêt fragmenté, le conseil de prud’hommes tranche un litige de paie sur ce que vous aviez reçu et à quelle date, bien plus que sur les sommes effectivement versées : un avis de prolongation arrivé le 12 pour une période ouverte le 3 laisse neuf jours dans un statut incertain, et seule la date de réception permet d’en sortir. Une mention portée le jour même dans le dossier du salarié règle la question pour de bon.

Le second est la conservation des décisions de contrôle. Vous défendez une contre-visite sur pièces : le motif consigné avant de la déclencher, le nom du médecin mandaté, la conclusion rendue et sa date. L’employeur qui a suspendu son complément sur la foi d’un rapport qu’il ne retrouve plus rembourse, six mois après, des sommes qu’il était en droit de retenir.

Chacun de ces gestes est anodin pris isolément. C’est leur continuité, sur la durée d’un arrêt qui dépasse souvent l’année, qui sépare l’employeur serein de celui qui reconstitue tout dans l’urgence, la veille de l’audience.

Pour chaque salarié en arrêt

  • La date de réception de l’arrêt et de chaque prolongation est-elle enregistrée ?
  • Le maintien de salaire et la subrogation sont-ils renseignés et rapprochés des remboursements de la caisse ?
  • La prise de relais par la prévoyance est-elle vérifiée sur les arrêts qui dépassent le maintien légal ?
  • Si un contrôle a été décidé, son motif, son résultat et sa date sont-ils conservés ?
  • Les congés acquis pendant l’arrêt sont-ils suivis, et l’information de reprise délivrée par un moyen daté ?
  • Le salarié a-t-il été informé de la possibilité d’une visite de pré-reprise au-delà de trente jours d’arrêt ?
  • La visite de reprise a-t-elle été déclenchée dès le seuil et la date de retour connus ?

Les erreurs qui coûtent cher

Chercher à connaître le motif de l’arrêt reste la tentation la plus commune, et elle vire à la faute plus vite qu’on ne l’imagine. Le diagnostic ne vous parviendra jamais, ni par le volet employeur, ni par la caisse, ni par la réforme de septembre 2026 qui l’a pourtant rendu obligatoire entre le médecin et l’Assurance maladie. Interroger le salarié ou son médecin vous expose sans rien vous apprendre.

Solliciter un salarié en arrêt pour une urgence part d’une bonne intention et finit en préjudice à réparer. Un dossier confié « juste pour deux heures » ressort, le jour venu, dans les pièces du salarié, horodaté par la messagerie de l’entreprise elle-même.

Croire qu’une activité constatée pendant l’arrêt suffit à licencier ignore l’exigence du préjudice et confond le terrain disciplinaire avec celui de la caisse. Demandez-vous, avant toute décision, devant quelle autorité vous vous apprêtez à défendre votre position, et avec quelles pièces.

Licencier pour absence prolongée sans remplacement définitif réel demeure le piège le plus fréquent, et le plus onéreux après la nullité. Sans embauche durable cohérente avec le motif invoqué, le juge écarte la cause réelle et sérieuse, et le barème de l’article L. 1235-3 s’applique alors sur toute l’ancienneté du salarié.

Oublier la visite de reprise, enfin, revient à laisser rentrer un salarié sans aptitude vérifiée, et à porter seul un risque que la médecine du travail était là pour partager. La dispense ouverte en juin 2026 ne change rien à ce constat : elle suppose une visite de pré-reprise réalisée dans les trente jours précédant le retour, conclue à l’absence de tout aménagement, et son compte rendu conservé dans le dossier.

Un dossier d’arrêt maladie dure. Quelques jours pour la grippe d’un magasinier, parfois trois ans pour une maladie professionnelle qui finira devant le pôle social du tribunal judiciaire. Sa difficulté tient moins à la complexité des règles qu’à leur géographie, chaque question relevant d’une autorité qui ignore les deux autres et n’a que faire de ce que vous avez décidé devant la troisième. L’employeur qui garde cette carte sous les yeux paie ce qu’il doit, contrôle ce qu’il peut, et laisse au médecin du travail la seule décision qui n’a jamais été la sienne.

Questions fréquentes

Quelles sont les obligations de l’employeur quand un salarié est en arrêt maladie ?

Elles tiennent en quatre points. Vous complétez le salaire si le salarié a l’ancienneté requise (article L. 1226-1) et vous adressez à la caisse, par la déclaration sociale nominative, le signalement qui déclenche les indemnités journalières. Vous respectez le secret médical, ce qui vous interdit d’interroger le salarié sur sa pathologie et de contacter son médecin traitant. Vous ne lui demandez aucun travail tant que l’arrêt court. Au retour, vous saisissez le service de prévention et de santé au travail lorsque la visite de reprise est due, et vous informez le salarié de ses droits à congés. Le contrôle et le remplacement relèvent d’une autre catégorie : ce sont des pouvoirs encadrés que vous pouvez actionner, sans y être tenu.

L’employeur peut-il connaître la raison de l’arrêt maladie ?

Non, jamais. Le volet de l’arrêt qui vous est destiné ne porte aucune mention de la pathologie, et le secret médical vous interdit d’interroger le salarié sur ce dont il souffre ou de joindre son médecin. La réforme du 1ᵉʳ septembre 2026, qui impose au médecin de justifier par écrit les arrêts longs, réserve cette justification à l’Assurance maladie et ne vous en transmet rien. Vous pouvez vérifier la réalité et le bien-fondé de l’arrêt par la contre-visite, sans jamais atteindre le diagnostic qui le sous-tend.

Peut-on demander à un salarié en arrêt maladie de travailler un peu ?

Non. L’arrêt suspend le contrat, et avec lui l’obligation de travailler. Solliciter le salarié pour un dossier urgent ou quelques courriels revient à lui faire exécuter la prestation que son arrêt a interrompue, et vous expose à réparer le préjudice qui en résulte. Le salarié, de son côté, doit s’abstenir de toute activité que son arrêt n’autorise pas, sous peine de restituer ses indemnités. La suspension oblige les deux parties, chacune devant son juge.

Un salarié peut-il exercer une autre activité pendant son arrêt maladie ?

Tout dépend du terrain sur lequel la question se pose. Dans votre relation de travail, l’exercice d’une activité pendant l’arrêt n’est pas fautif par lui-même : pour fonder un licenciement, il vous faut démontrer un préjudice, lequel ne se déduit pas du complément de salaire que vous avez versé. Devant la Sécurité sociale, l’article L. 323-6 du code de la sécurité sociale impose à l’assuré de s’abstenir de toute activité non autorisée, et la caisse peut réclamer la restitution des indemnités sans avoir à établir quoi que ce soit d’autre. Depuis le 25 juin 2026, une activité qui a procuré des revenus expose en outre à une sanction financière.

Que se passe-t-il si la caisse constate une fraude aux indemnités journalières ?

Elle vous en informe désormais. Le VI de l’article L. 114-9 du code de la sécurité sociale oblige l’organisme, en cas de fraude avérée d’un assuré destinée à obtenir des indemnités journalières, à vous transmettre les renseignements strictement nécessaires pour la caractériser. Cette information a une conséquence directe sur votre paie : depuis le 27 juin 2026, l’article L. 1226-1 écarte le maintien de salaire légal dans cette hypothèse. Vous transmettez enfin ces éléments à l’organisme de prévoyance auquel le salarié est affilié, dans des conditions que fixe un décret.

Peut-on licencier un salarié à cause de ses arrêts maladie à répétition ?

Jamais au motif de l’état de santé, qui rend le licenciement nul (articles L. 1132-1 et L. 1132-4). La rupture n’est ouverte que si les absences prolongées ou répétées désorganisent objectivement l’entreprise et imposent le remplacement définitif du salarié par un autre, en contrat à durée indéterminée, à une date proche du licenciement ou dans un délai raisonnable (Cour de cassation, 24 mars 2021, n° 19-13.188). La désorganisation se caractérise d’autant plus vite que l’entreprise est petite et le poste central. Le terrain est exigeant, et il se perd sur la preuve du remplacement bien plus que sur celle de la désorganisation.

Peut-on signer une rupture conventionnelle avec un salarié en arrêt maladie ?

Oui. La suspension du contrat ferme la porte au licenciement dans bien des cas, sans faire obstacle à une rupture d’un commun accord. La Cour de cassation l’a admis jusque dans l’hypothèse la plus protégée, celle d’un arrêt consécutif à un accident du travail : l’article L. 1226-9 du code du travail ne prohibe que la rupture unilatérale (Cour de cassation, 30 septembre 2014, n° 13-16.297). La fraude et le vice du consentement restent en embuscade : un salarié affaibli par sa pathologie ou par un traitement lourd offre un terrain où l’altération du consentement se plaide volontiers, et il dispose de douze mois à compter de l’homologation pour saisir le conseil de prud’hommes (article L. 1237-14).

La visite médicale de reprise est-elle obligatoire, et qui doit l’organiser ?

Elle est due après un congé de maternité, après une absence pour maladie professionnelle quelle qu’en soit la durée, après au moins 30 jours d’arrêt pour accident du travail et après au moins 60 jours pour une maladie ou un accident sans lien avec le travail (article R. 4624-31). L’employeur la déclenche en saisissant le service de prévention et de santé au travail dès qu’il connaît la date de fin d’arrêt ; l’examen a lieu le jour de la reprise effective, et au plus tard dans les 8 jours qui suivent. Depuis le décret du 12 juin 2026, la visite n’est plus requise lorsque le salarié a bénéficié d’une visite de pré-reprise dans les 30 jours précédant son retour et que le médecin du travail y a conclu qu’aucun aménagement n’était nécessaire.

L’employeur doit-il maintenir le salaire pendant l’arrêt maladie ?

Oui, sous conditions. L’article L. 1226-1 lui impose de compléter les indemnités de la Sécurité sociale pour le salarié qui justifie d’un an d’ancienneté, a transmis son arrêt dans les 48 heures et se trouve pris en charge par la caisse : la rémunération est portée à 90 % du brut pendant 30 jours, puis aux deux tiers pendant 30 jours, ces durées gagnant 10 jours par tranche de cinq ans d’ancienneté (articles D. 1226-1 et D. 1226-2). Le complément part du huitième jour d’absence en maladie ordinaire et du premier jour en accident du travail, l’accident de trajet mis à part (article D. 1226-3). Beaucoup de conventions collectives se montrent plus généreuses, et la prévoyance prend le relais sur les arrêts longs.

Sources officielles

Les sources suivantes structurent le guide. Elles doivent être revues lors des mises à jour de fond.

Pour aller plus loin

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