Le volet d’arrêt arrive un lundi matin, posé sur un coin de bureau ou tombé dans la messagerie. Trois jours, parfois davantage. Et avant même que vous ayez rien décidé, une file de questions se forme. Faut-il le payer, et combien ? A-t-il prévenu dans les temps ? Peut-on l’appeler pour savoir ce qu’il a ? Vérifier qu’il est bien chez lui ? Et s’il ne revient pas avant des mois, peut-on le remplacer pour de bon ? Chacune de ces questions reçoit, en droit, une réponse nette. C’est parce qu’elles se présentent toutes ensemble qu’on les traite si souvent de travers.
Face à un arrêt, l’employeur penche vers l’une de deux erreurs symétriques. Le premier réflexe est de se croire tout permis : réclamer une explication, brandir une sanction, envoyer quelqu’un sonner au domicile. Le second, par excès de prudence, est de tout subir en silence, comme si la maladie du salarié mettait l’entreprise hors-jeu. Le droit se tient à égale distance de ces deux postures. Il vous reconnaît des pouvoirs réels mais étroitement bornés, et il vous impose des obligations précises, dont certaines tombent à des moments qu’on n’attend pas. Reste à les remettre dans l’ordre où elles surviennent, de la réception de l’avis jusqu’au retour du salarié. Chaque terrain qui appelle un développement à lui seul ouvrira, au passage, la porte du guide qui lui est consacré.
À retenir d’emblée
Un arrêt maladie vous assigne un rôle précis, et borné de toutes parts. Vous payez une partie du salaire sans jamais connaître la maladie. Vous contrôlez la réalité de l’arrêt sans pouvoir sanctionner l’absence qu’il couvre. Vous pouvez remplacer un salarié durablement absent, mais jamais au seul motif qu’il est malade. Et d’un bout à l’autre de cette séquence, ce qui vous protégera le jour d’un litige tient moins à la décision prise qu’à la trace qui en reste.
Un arrêt suspend le contrat, il ne le rompt pas
Tout part d’une idée simple, et pourtant constamment mécomprise : l’arrêt maladie suspend le contrat de travail, il ne l’efface pas. Le salarié cesse de fournir sa prestation, vous cessez d’exercer votre pouvoir de direction sur son temps ; mais le contrat demeure, le poste reste le sien, l’ancienneté continue de courir, et un fil ténu subsiste entre vous, l’obligation de loyauté, qui survit à la suspension et engage toujours le salarié. Se savoir dans une parenthèse, non dans une fin, épargne la plupart des faux pas qui suivent.
Cette parenthèse s’ouvre sur une formalité à la charge du salarié : transmettre son arrêt. Vers l’Assurance maladie, le délai est de 48 heures, et un retard peut lui coûter une fraction de ses indemnités. Vers vous, le délai n’a rien de légal, il est conventionnel : votre convention collective ou votre règlement intérieur le fixe, le plus souvent autour de ces mêmes 48 heures. Le document qui vous parvient, lui, reste muet sur la maladie. Il atteste d’un arrêt et de sa durée, sans un mot de diagnostic, et ce silence est voulu. Depuis septembre 2025, ces avis circulent d’ailleurs sur un formulaire sécurisé, doté d’étiquettes holographiques, conçu pour endiguer le trafic de faux arrêts florissant sur les réseaux sociaux ; un vieux modèle papier vous serait aujourd’hui retourné par la caisse.
Ce que vous devez payer, et ce que la caisse prend en charge
C’est la première obligation tangible, et la plus chiffrable. Le salarié malade perçoit d’abord les indemnités journalières de la Sécurité sociale, versées par la caisse à hauteur de 50 % de son salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond de 1,4 SMIC, soit 42,97 € par jour au maximum depuis le 1er juillet 2026. Ces indemnités ne suffisent pas, et c’est ici que vous entrez en scène.
L’article L. 1226-1 du code du travail, hérité de la loi de mensualisation de 1978, vous oblige à compléter ces indemnités dès que le salarié justifie d’un an d’ancienneté. Le complément porte sa rémunération à 90 % du brut pendant les 30 premiers jours, puis aux deux tiers pendant les 30 suivants, ces durées s’allongeant à mesure que grandit l’ancienneté. Un délai de carence de 7 jours s’applique en maladie ordinaire, que nombre de conventions collectives réduisent, suppriment ou assortissent d’un maintien plus favorable ; en accident du travail, le maintien joue dès le premier jour. Pour ne pas avancer cet argent à fonds perdu, vous demandez la subrogation.
- Subrogation
Mécanisme par lequel l’employeur perçoit directement, à la place du salarié, les indemnités journalières de la Sécurité sociale. Concrètement, vous versez au salarié l’intégralité de sa rémunération, puis la caisse vous rembourse sa part. Vous faites l’avance, non le cadeau.
Au-dessus de ce socle légal, un second étage est trop souvent oublié, et il coûte cher à qui l’ignore : la prévoyance. Beaucoup de conventions collectives imposent un régime qui prolonge le maintien de salaire lorsque l’arrêt s’étire, là où l’obligation légale s’épuise, et qui couvre l’invalidité comme le décès. Pour vos cadres, ce n’est même pas une faculté : l’accord national interprofessionnel du 17 novembre 2017, qui a repris la convention des cadres de 1947, vous impose de cotiser au moins 1,50 % de la tranche 1 de leur rémunération à un régime de prévoyance, dont plus de la moitié affectée au risque décès. La sanction du manquement mérite qu’on s’y arrête : l’employeur qui n’a pas souscrit cette garantie doit verser lui-même aux ayants droit du cadre décédé un capital égal à trois fois le plafond annuel de la Sécurité sociale. Un oubli administratif se solde alors par une dette à six chiffres.
Un mot, enfin, pour éteindre une inquiétude répandue : la réforme des arrêts de travail entrée en vigueur le 1er septembre 2026 n’a pas touché à ce calcul. Elle a découpé les arrêts longs en tranches successives, ce qui multiplie les avis à recevoir et à suivre, mais le maintien de salaire, les indemnités et la subrogation sont demeurés ce qu’ils étaient.
Ce que vous n’avez pas le droit de faire
Trois interdits bornent votre conduite pendant l’arrêt, et les franchir fait basculer l’employeur légitime dans l’illégalité.
Le motif médical, d’abord, échappe à votre curiosité. Vous ne pouvez ni interroger le salarié sur sa pathologie, ni joindre son médecin traitant, ni subordonner le complément de salaire à une explication sur ce dont il souffre. Le secret médical compte parmi les protections les plus fermes du droit du travail, et la curiosité, fût-elle de bonne foi, se paie.
Faire travailler le salarié, ensuite, vous est tout autant fermé. L’arrêt a suspendu sa prestation : lui confier un dossier à boucler, quelques courriels à traiter, un client à dépanner, c’est lui faire exécuter le travail que son arrêt a justement interrompu. Vous le placez en porte-à-faux avec sa propre caisse, et vous engagez votre responsabilité pour le préjudice qui en résulte. L’arrêt suspend la prestation sans demi-mesure : il n’existe pas de petit dépannage qui vaille.
Sanctionner l’absence, enfin, est un contresens juridique. L’absence couverte par un arrêt régulier n’a rien de fautif ; elle est la conséquence légale d’un droit du salarié. Vous ne pouvez ni la lui reprocher, ni en faire le socle d’une mesure disciplinaire. Ce que vous pouvez contester, le cas échéant, c’est la réalité de l’arrêt, par les voies de contrôle prévues à cet effet, jamais l’absence en elle-même.
La frontière de la loyauté
Reste la zone la plus délicate, celle où l’on trébuche le plus, parce qu’elle met aux prises deux logiques qui se ressemblent sans se confondre. Le salarié en arrêt vous doit toujours loyauté, et cette loyauté ne le condamne pourtant pas à l’inertie.
Sur le terrain de votre relation de travail, la règle est constante : exercer une activité pendant un arrêt, fût-elle rémunérée, ne caractérise pas en soi un manquement à la loyauté. Pour fonder un licenciement, encore faut-il démontrer que cette activité vous a causé un préjudice, lequel ne se déduit pas du seul complément de salaire que vous avez versé. Le bricolage, le déménagement d’un proche, une activité bénévole, la pratique d’un sport, tout cela relève de la vie personnelle, que la maladie n’abolit pas. Le terrain disciplinaire ne s’ouvre que lorsque l’acte vous nuit véritablement, par une concurrence déloyale ou un dommage caractérisé.
Une brèche récente, à ne pas surinterpréter
En juin 2025, la Cour de cassation a validé le licenciement d’un salarié qui avait assuré, pendant son arrêt, huit prestations rémunérées de formateur et d’examinateur pour une autre structure, sans exiger de l’employeur la preuve d’un préjudice (Cass. soc., 25 juin 2025, n° 24-16.172). De quoi croire que l’exigence du préjudice a vécu. Ce serait aller trop vite. Ce salarié relevait d’un statut particulier, celui des industries électriques et gazières, dont l’article 22 lui interdisait expressément ce cumul, et c’est la violation répétée de cette règle statutaire, huit fois, qui a fondé la faute. La décision est au surplus inédite, c’est-à-dire non promue en principe par la Cour. Pour l’immense majorité des employeurs, étrangers à ce type de statut, l’exigence d’un préjudice tient toujours. La brèche existe, elle est à surveiller, elle n’est pas le droit commun.
Sur le terrain de la Sécurité sociale, le raisonnement est tout autre, et bien plus rude pour le salarié. L’article L. 323-6 du code de la sécurité sociale subordonne le versement des indemnités journalières à l’obligation, pour l’assuré, de s’abstenir de toute activité non autorisée par son arrêt. Une activité prohibée, et la caisse peut réclamer la restitution des sommes versées, sans avoir à établir le moindre préjudice de votre part. Le même fait relève ainsi de deux juridictions étrangères l’une à l’autre : ce qui vous échappe devant le conseil de prud’hommes peut coûter cher au salarié devant sa caisse. Deux gardiens, deux logiques, à ne jamais confondre.
Contrôler un arrêt qui tombe au mauvais moment
Le doute, parfois, est permis. Un arrêt qui surgit le lundi après un congé refusé le vendredi, une absence qui cadre mal avec ce que vous savez. Vous n’êtes pas désarmé : la contre-visite médicale est votre levier de contrôle propre, contrepartie directe du complément que vous versez. Vous mandatez un médecin, qui se prononce sur le caractère justifié de l’arrêt et peut, depuis le décret de 2024, déclencher la suspension des indemnités par la caisse, et non plus seulement de votre complément. La rançon de ce pouvoir est une procédure stricte : l’avis ne vaut que pour sa date, jamais pour l’avenir, et un arrêt jugé injustifié ne vous autorise pas à sanctionner, seulement à cesser de payer. L’outil a ses règles propres, qu’il vaut mieux connaître avant de le dégainer, et que détaille notre guide sur la contre-visite patronale. Ne le confondez pas avec le contrôle diligenté par la CPAM, qui appartient à la caisse, porte sur les indemnités, et se resserre sur les arrêts longs depuis la réforme.
Ce que la réforme du 1er septembre 2026 a changé, et ce qu’elle n’a pas touché
Inutile de la redouter pour de mauvaises raisons. Depuis le 1er septembre 2026, un médecin ne peut plus prescrire un premier arrêt de plus de 31 jours, ni une prolongation de plus de 62, sauf à justifier médicalement la dérogation. Un arrêt long ne vous arrive donc plus d’un bloc, mais en tranches successives, chacune appelant un nouvel avis à recevoir et à tracer. Votre facture, elle, ne bouge pas ; ce sont les coutures du dossier qui se multiplient, et le risque se déplace vers le suivi des prolongations, là où un avis reçu en retard ouvre un trou d’absence non couverte au beau milieu d’un arrêt pourtant réel. La mécanique exacte et la discipline qu’elle impose font l’objet de notre guide dédié à la réforme.
Les congés payés continuent de tomber, même à l’arrêt
Voilà un renversement que bien des employeurs n’ont pas encore intégré. Depuis la loi du 22 avril 2024, un salarié en arrêt acquiert des congés payés, y compris pour une maladie sans lien avec le travail : 2 jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours par an, et l’acquisition pleine de 2,5 jours lorsque l’arrêt tient à un accident du travail ou à une maladie professionnelle. Le calcul, vous l’absorberez. Le piège est ailleurs. À chaque reprise, vous devez informer le salarié de ses droits à congés ; faute de quoi le délai de report de 15 mois ne démarre jamais, et ces congés cessent de se périmer. Cette obligation discrète, et le moyen de la tenir, sont au cœur de notre guide sur les congés payés pendant l’arrêt maladie.
Quand l’absence s’installe : remplacer, ou se séparer
Un arrêt peut s’éterniser, et la question finit par s’imposer : combien de temps tient-on un poste vide ? Le droit pose ici une limite ferme et n’entrouvre qu’une issue étroite. La limite tient dans l’article L. 1132-1 du code du travail : aucun salarié ne peut être licencié en raison de son état de santé. Un licenciement fondé sur la maladie est nul, et la nullité est la sanction la plus lourde de l’arsenal.
L’issue étroite procède d’une distinction que la Cour de cassation a forgée de longue date. Ce qui peut justifier le licenciement, ce n’est pas la maladie, mais la situation objective de l’entreprise que l’absence désorganise. Encore deux conditions se cumulent-elles. La perturbation doit être réelle, et elle se caractérise d’autant plus vite que l’entreprise est petite et le poste central : dans une TPE, l’absence durable d’un salarié clé désorganise vite l’activité. Surtout, cette perturbation doit imposer le remplacement définitif de l’absent, autrement dit l’embauche d’un autre salarié en contrat à durée indéterminée, à une date proche du licenciement ou dans un délai raisonnable que les juges apprécient (Cour de cassation, 24 mars 2021, n° 19-13.188).
Le remplacement qui n’en est pas un
La faille classique du licenciement pour absence prolongée, c’est le remplacement bâclé. Un intérimaire le temps d’y voir clair, un collègue qui absorbe la charge, un poste qu’on laisse vacant en attendant des jours meilleurs : aucun de ces montages ne vaut remplacement définitif. Si vous invoquez la désorganisation pour licencier sans recruter personne en contrat à durée indéterminée dans un délai raisonnable, le motif s’effondre, et le licenciement devient sans cause réelle et sérieuse. Toute la défense se joue dans la cohérence entre le motif allégué et l’acte posé.
Le régime se durcit encore lorsque l’arrêt naît d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle : pendant cette suspension, le salarié jouit d’une protection renforcée, et son licenciement n’est possible qu’en cas de faute grave ou d’impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l’accident. Plus l’origine de l’absence engage l’entreprise, plus la porte de sortie se rétrécit.
Reste une voie que l’on croit à tort fermée : la sortie négociée. Lorsque la relation est à bout de souffle et que le licenciement pour désorganisation paraît hasardeux, employeur et salarié peuvent convenir d’une rupture conventionnelle, y compris pendant l’arrêt. La Cour de cassation l’a admis dans l’hypothèse même la plus protégée, celle d’un arrêt consécutif à un accident du travail, en jugeant que l’article L. 1226-9 ne prohibe que la rupture unilatérale du contrat, non la rupture d’un commun accord (Cass. soc., 30 sept. 2014, n° 13-16.297). Deux réserves, et elles ne sont pas de pure forme. La fraude d’abord, qui ferait de la rupture l’habillage d’un licenciement prohibé. Le vice du consentement ensuite, et c’est le vrai point de vigilance : un salarié fragilisé par sa pathologie ou par un traitement lourd offre un terrain où se plaide volontiers l’altération du consentement, capable de faire tomber la rupture longtemps après sa signature. La sortie négociée est donc licite, à la condition d’être conduite avec un soin dont la précipitation est l’ennemie.
Préparer la reprise plutôt que la subir
La reprise ne se résume pas à un retour de clés ; c’est une étape qui se prépare, et dont une part vous incombe. Tant que l’arrêt court, une visite de pré-reprise peut être organisée pour tout arrêt de plus de 30 jours, à l’initiative du salarié, de son médecin traitant, du médecin-conseil de la caisse ou du médecin du travail (article R. 4624-29). Elle sert à anticiper : aménagement du poste, reclassement, formation, avant même que le salarié ne repasse la porte. Vous ne la déclenchez pas, mais vous avez tout intérêt à ce qu’elle ait lieu sur les arrêts qui durent.
La visite de reprise, elle, est votre obligation pleine et entière. Elle s’impose après un congé de maternité, après une absence pour maladie professionnelle quelle qu’en soit la durée, après 30 jours au moins d’arrêt pour accident du travail, et après 60 jours au moins pour une maladie ou un accident sans lien avec le travail, seuil relevé de 30 à 60 jours en 2022 (article R. 4624-31). C’est vous qui saisissez le service de prévention et de santé au travail dès que vous connaissez la date de retour, pour une visite qui doit intervenir dans les 8 jours suivant la reprise. Le médecin du travail y vérifie l’aptitude et peut prononcer un aménagement, un mi-temps thérapeutique, voire une inaptitude qui ouvrira son propre régime, fait d’obligation de reclassement et de délais contraints. Laisser un salarié reprendre sans cette visite lorsqu’elle est due, c’est avancer sans filet sur un terrain où votre responsabilité est directement engagée.
La méthode EDS : tenir le fil d’un arrêt, de l’avis à la reprise
Tout ce qui précède se ramène à une discipline, et c’est précisément là qu’une TPE sans service RH décroche. Le droit ne réclame pas un exploit ; il réclame de ne pas perdre le fil d’un dossier qui court sur plusieurs mois et traverse plusieurs régimes.
Objectif
Conserver, pour chaque arrêt, une vision nette de ce qui a été reçu, payé, décidé et tracé, à chaque étape. La règle tient en une phrase : un arrêt ne se gère pas de mémoire, il se tient sur une ligne du temps, du premier avis à la visite de reprise.
Datez la réception de chaque avis et de chaque prolongation, car sur un arrêt fragmenté, la question qui tranche un litige n’est pas « avez-vous payé », mais « qu’aviez-vous reçu, et quand ». Tracez vos décisions de contrôle, leur motif et leur suite, parce qu’une contre-visite ne se défend pas avec l’intuition qui l’a inspirée, mais avec ce qu’on peut en produire. Suivez l’échéance des congés acquis pendant l’arrêt et gardez la preuve de l’information donnée à la reprise, sans quoi un solde dormant resurgira au pire moment. Déclenchez enfin la visite de reprise au bon seuil, sans attendre. Chacun de ces gestes est anodin pris isolément ; c’est leur continuité, sur la durée, qui sépare l’employeur serein de celui qui reconstitue tout dans l’urgence, le jour du contentieux.
Pour chaque salarié en arrêt
- La date de réception de l’arrêt et de chaque prolongation est-elle enregistrée ?
- Le maintien de salaire et la subrogation sont-ils renseignés et rapprochés des remboursements de la caisse ?
- Si un contrôle a été décidé, son motif, son résultat et sa date sont-ils tracés ?
- Les congés acquis pendant l’arrêt sont-ils suivis, et l’information de reprise délivrée par un moyen daté ?
- La visite de reprise a-t-elle été déclenchée dès le seuil et la date de retour connus ?
Les erreurs qui coûtent cher
Chercher à connaître le motif de l’arrêt est la tentation la plus commune, et elle peut virer à la faute. Le diagnostic ne vous parviendra jamais ; interroger le salarié ou son médecin vous expose sans rien vous apprendre.
Solliciter un salarié en arrêt pour une urgence part souvent d’une bonne intention et finit en préjudice à réparer. L’arrêt suspend la prestation, tout entière.
Croire qu’une activité pendant l’arrêt suffit à licencier ignore l’exigence du préjudice et confond le terrain disciplinaire avec celui de la caisse. Avant d’agir, demandez-vous sur quel terrain vous vous trouvez, et ce que vous pouvez prouver.
Licencier pour absence prolongée sans remplacement définitif réel demeure le piège le plus fréquent. Sans embauche durable cohérente avec le motif invoqué, le licenciement est jugé sans cause réelle et sérieuse.
Oublier la visite de reprise, enfin, revient à laisser rentrer un salarié sans aptitude vérifiée, et à porter seul un risque que la médecine du travail était là pour partager.
Un arrêt maladie, vu du bureau du dirigeant, n’a rien d’une catastrophe et rien d’une simple formalité. C’est une séquence à plusieurs temps, où chaque pouvoir rencontre sa limite et chaque obligation son échéance. Une même bascule la traverse de part en part, comme elle traverse la réforme des arrêts, la contre-visite et les congés acquis pendant l’arrêt : le jour où un salarié, une caisse ou un juge demande des comptes, ce n’est pas ce que vous avez décidé qui vous défendra, c’est ce que vous avez su documenter. L’employeur qui tient le fil de ses arrêts n’en fait pas davantage que les autres ; il garde, à chaque étape, de quoi établir qu’il a fait juste. Et cette trace, le moment venu, parle pour lui.