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Guide de référence

Réforme des arrêts de travail au 1er septembre 2026 : ce que l’employeur doit suivre, payer et prouver

Ce que vous allez lire Ce que la réforme change au découpage des arrêts longs, les arrêts qu’elle épargne, votre part dans le maintien de salaire, le suivi des prolongations et le calendrier de la reprise.

Ce que vous saurez décider Ce que vous continuez de verser, ce que vous devez surveiller à chaque tranche, le moment où une relance devient une mise en demeure, et le seuil d’absence qui déclenche la visite de reprise.

Notre angle La réforme laisse votre facture en l’état et déplace le risque vers le suivi, là où une prolongation non signalée passe inaperçue jusqu’à la régularisation.

Farid Zidani Directeur juridique · Mis à jour le 9 septembre 2026
30 min de lecture

Points clés

  • Depuis le 1er septembre 2026, un premier arrêt ne peut plus dépasser 31 jours et une prolongation 62 jours : le médecin doit découper les arrêts longs en plusieurs avis (article R. 162-1-7-1).
  • Les plafonds ne visent que les avis établis depuis cette date : un arrêt prescrit en août court jusqu’à son terme, et ne bascule dans le nouveau régime qu’à sa première prolongation.
  • La réforme ne touche pas à ce que vous versez : maintien de salaire, indemnités journalières et subrogation restent exactement ce qu’ils étaient. Une autre loi de 2026 y a touché, en écartant le maintien de salaire en cas de fraude avérée aux indemnités journalières.
  • La charge se déplace sur le suivi : un arrêt long vous arrive en tranches, et chaque prolongation reçue en retard fragilise votre paie, vos remboursements et votre preuve.
  • Au second envoi tardif d’un salarié dans les vingt-quatre mois, la caisse ampute de moitié ses indemnités journalières sur la période concernée ; en subrogation, cette moitié manque sur vos comptes (article D. 323-2).
  • La mise en demeure écrite est le pivot du contentieux : sans elle, un avis en retard ne fonde aucune sanction ; restée sans réponse, elle a fait admettre la faute grave deux fois en dix ans.
Sommaire du guide
  1. Ce qui change vraiment depuis le 1er septembre 2026
  2. Quels arrêts sont concernés, et lesquels échappent au plafond
  3. Ce qui ne change pas : votre facture
  4. L’arrêt long vous arrive désormais en tranches
  5. Le calendrier d’un arrêt qui s’installe
  6. Le retard, la mise en demeure et la faute
  7. Le motif, lui, reste secret
  8. Deux contrôles à ne pas confondre
  9. La reprise : le compteur que la fragmentation fait oublier
  10. Et votre contrat de prévoyance ?
  11. La méthode EDS : suivre les prolongations sans rupture
  12. Les erreurs qui coûtent cher

Un de vos salariés est en arrêt depuis le printemps. Une lombalgie qui s’installe, un protocole de soins qui s’étire. Jusqu’à l’été, son médecin prescrivait deux mois d’un trait : un avis vous parvenait, vous mainteniez le salaire, la caisse vous remboursait les indemnités journalières par le jeu de la subrogation, et le dossier avançait sans que personne ait à s’en occuper. Depuis le 1er septembre 2026, le même arrêt vous arrive autrement, en tranches. Trente et un jours, puis soixante-deux, puis soixante-deux encore. À chaque échéance, un nouvel avis doit partir chez vous et à la caisse. Le jour où la troisième prolongation tarde de quelques jours, parce que le rendez-vous a glissé d’une semaine, la paie est déjà lancée, le salaire court sur une période que plus aucun arrêt ne couvre, et la caisse cesse de vous rembourser. Rien de spectaculaire. Multipliez la scène par trois salariés et par plusieurs mois, et vous tenez une charge de suivi qui n’existait pas hier.

Voici le nerf de la guerre, et c’est précisément ce que ratent les fiches qui fleurissent en ligne : elles recopient le plafonnement, s’alarment pour le salarié, oublient l’employeur. Or, pour vous, la facture reste identique à l’euro près. Ce que la réforme ajoute, c’est du suivi, et un suivi mal tenu se paie comptant : du salaire avancé sur des jours que plus aucun arrêt ne couvre, des indemnités journalières amputées de moitié au second retard de transmission, une subrogation que la caisse solde six mois plus tard.

L’essentiel en deux minutes

La règle. Depuis le 1er septembre 2026, un médecin ne peut plus prescrire un premier arrêt de plus de 31 jours, ni une prolongation de plus de 62 jours (article R. 162-1-7-1 du code de la sécurité sociale). La réforme s’adresse aux prescripteurs : elle plafonne ce qu’un praticien couche sur un avis, et son effet chez vous se limite au rythme auquel ces avis vous arrivent.

Le risque chiffré. Votre maintien de salaire, le calcul des indemnités journalières et la subrogation sont identiques au 2 septembre et au 31 août. Ce qui vous coûte se joue ailleurs : au second envoi tardif d’un avis dans les vingt-quatre mois, la caisse réduit de moitié les indemnités journalières de la période concernée (article D. 323-2), et cette moitié manque sur vos comptes si vous êtes subrogé. Une prolongation signée par un praticien de passage, hors des cas prévus par l’article L. 162-4-4, n’est pas indemnisée du tout.

Le premier geste. Notez, pour chaque salarié en arrêt, la date de fin prévisionnelle de la tranche en cours, et programmez la relance deux jours avant ce terme. Cette ligne de calendrier est ce qui sépare un dossier tenu d’un dossier qu’on reconstitue.

Ce qui change vraiment depuis le 1er septembre 2026

Le cadre tient en une loi et quatre décrets, et il vaut la peine de les nommer, car la plupart des articles que vous lirez ailleurs écrivent « un mois, deux mois » sans jamais citer un texte. Le plafonnement procède de l’article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 (loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025), validé sur ce point par le Conseil constitutionnel. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 en fixe le chiffre : 31 jours pour une première prescription, 62 jours pour une prolongation. Un deuxième décret du même jour, le n° 2026-499, arrête à trois mois le seuil de renouvellement au-delà duquel le prescripteur peut saisir le service du contrôle médical de l’Assurance maladie. Deux autres textes du 12 juin, les décrets n° 2026-501 et n° 2026-503, complètent la vague sans qu’aucune fiche ne les rapproche du premier ; le second, qui retouche la visite de reprise, se révèle pourtant le plus utile à un employeur confronté à un arrêt long, pour une raison qui tient au calendrier du retour.

Avis de prolongation

Le nouvel avis d’arrêt qui prend le relais du précédent au-delà de son terme. Depuis le 1er septembre 2026, il ne peut porter sur plus de 62 jours. C’est le document pivot de votre gestion : celui que vous devez recevoir, dater, et chaîner au précédent sans laisser de trou entre deux périodes.

Un point de pure technique juridique éclaire tout le reste. Ces plafonds logent dans le code de la sécurité sociale, hors du code du travail. Dès lors, la réforme agit sur la relation entre le médecin et l’Assurance maladie, sur ce qu’un praticien a le droit de coucher sur un avis d’arrêt. Elle ne touche à aucun moment la relation entre vous et votre salarié, laquelle relève, elle, du code du travail. Partant, votre maintien de salaire ne bouge pas d’une ligne : il n’est tout bonnement pas dans le champ du texte.

L’intention du gouvernement n’a rien d’obscur. Les arrêts maladie ont coûté quelque 18 milliards d’euros d’indemnités journalières en 2025, en hausse continue, et l’État reprend la main sur leur durée en imposant un point de contact médical plus fréquent. Cette logique de comptes sociaux se traduit chez vous sous une forme très prosaïque : des avis qui arrivent plus souvent.

Reste un contresens à dissiper sans attendre, car il affole inutilement salariés et dirigeants. Le plafond porte sur la prescription, non sur la maladie. Personne n’est renvoyé au travail au bout de 31 jours au prétexte que le compteur serait plein. Si l’état de santé l’exige, le médecin prolonge ; il peut même dépasser les plafonds en motivant par écrit sa décision, lorsque la situation le commande : la pathologie du patient, la nature de son activité, ou l’impossibilité de le revoir à temps faute d’offre de soins suffisante, en cohérence avec les recommandations de la Haute Autorité de santé. La durée de l’arrêt continue de se décider dans le cabinet du médecin, au rythme près auquel elle se confirme.

L’ensemble tient en un tableau :

Ce qui change depuis le 1er septembre 2026Ce qui ne change pas
Un premier arrêt plafonné à 31 jours, une prolongation à 62 joursLe maintien de salaire (taux, durées, carence)
Les arrêts longs arrivent en tranches successivesLe calcul des indemnités journalières
Un avis de prolongation à recevoir et à tracer à chaque échéanceLa subrogation
Le prescripteur peut saisir le contrôle médical au-delà de 3 moisLe secret médical : le motif ne vous est jamais transmis
Le médecin doit justifier le motif par écrit à la caisseVotre levier de contrôle propre, la contre-visite patronale
Le nombre de jointures où un dossier peut se défaireLe seuil de 60 jours d’absence qui déclenche la visite de reprise

Quels arrêts sont concernés, et lesquels échappent au plafond

La question se pose dans toute entreprise qui compte un absent de longue durée : mon salarié, arrêté depuis juillet, tombe-t-il sous le nouveau régime ? L’article 2 du décret du 12 juin y répond sans détour. Les plafonds « s’appliquent aux prescriptions et aux prolongations d’arrêt de travail établies à compter du 1er septembre 2026 ». Ce qui commande est donc la date à laquelle le praticien a rédigé l’avis, quand bien même la période couverte déborderait largement sur l’automne.

Il s’ensuit deux conséquences, et la seconde se remarque moins que la première. D’une part, un arrêt initial prescrit le 20 août pour trois mois demeure valable jusqu’à son terme : personne ne le raccourcit rétroactivement, et vous n’avez aucune démarche à engager. D’autre part, la première prolongation que ce même salarié fera établir après le 1er septembre est, elle, soumise au plafond de 62 jours. Vos arrêts anciens basculent ainsi dossier par dossier, au fil des renouvellements, sur plusieurs mois. En pratique, la charge de suivi monte par paliers, à mesure que chaque absent franchit sa première échéance de rentrée.

Deux bornes achèvent le tableau. Les plafonds ne s’appliquent pas à Mayotte, que le décret exclut expressément de son champ. Et le pouvoir réglementaire est allé au plus bas de ce que la loi lui permettait, l’article L. 162-4-1 du code de la sécurité sociale lui interdisant de descendre sous un mois pour une première prescription et sous deux mois pour une prolongation : un tour de vis supplémentaire passerait par la loi, le décret ayant donné tout ce qu’il pouvait donner.

Ce qui ne change pas : votre facture

Avant d’entrer dans la gestion, posons ce qui ne bouge pas, car c’est là que se loge l’angoisse la plus répandue et la plus mal placée : la peur de payer davantage. Vous ne payez pas davantage.

Le maintien de salaire, d’abord. C’est l’obligation, héritée de la loi de mensualisation de 1978 et codifiée à l’article L. 1226-1 du code du travail, de compléter les indemnités de la sécurité sociale pour garantir au salarié malade une fraction de sa rémunération. Pour un salarié comptant un an d’ancienneté, le complément porte le revenu à 90 % de la rémunération brute pendant 30 jours, puis aux deux tiers pendant 30 jours encore ; et ces durées s’allongent avec l’ancienneté, selon un barème que fixent les articles D. 1226-1 et D. 1226-2 du même code.

Ce barème, le voici en entier, parce qu’on le trouve rarement écrit noir sur blanc :

Ancienneté dans l’entrepriseIndemnisation à 90 %Puis aux deux tiers
1 à 5 ans30 jours30 jours
6 à 10 ans40 jours40 jours
11 à 15 ans50 jours50 jours
16 à 20 ans60 jours60 jours
21 à 25 ans70 jours70 jours
26 à 30 ans80 jours80 jours
31 ans et plus90 jours90 jours

La mécanique se double d’un délai de carence de 7 jours en maladie ordinaire, le complément ne s’ouvrant qu’au huitième jour d’arrêt ; il joue en revanche dès le premier jour en cas d’accident du travail. Et ce socle légal n’est qu’un plancher : nombre de conventions collectives suppriment la carence, allongent les durées ou rehaussent les taux, autant de points à vérifier dans votre branche avant tout calcul. Le détail des conditions, et de la prévoyance qui prolonge ce socle sur les arrêts longs, relève du cadre général de l’arrêt maladie ; ce qu’il faut retenir ici tient en une phrase : la réforme n’y a pas touché.

Le maintien de salaire a pourtant bougé en 2026, par un texte étranger à la réforme de septembre, et le rapprochement ne se fait nulle part. Depuis le 27 juin 2026, l’article 20 de la loi n° 2026-534 relative à la lutte contre les fraudes sociales et fiscales ajoute à l’article L. 1226-1 une exclusion inédite : le complément cesse d’être dû en cas de fraude avérée du salarié pour obtenir le versement d’indemnités journalières, lorsque l’employeur en a été informé au titre du VI de l’article L. 114-9 du code de la sécurité sociale. Le mécanisme mérite qu’on s’y arrête, puisqu’il vous place en position de recevoir une information qui ne vous parvenait jusqu’ici jamais : c’est la caisse qui caractérise la fraude, et c’est elle qui vous transmet les renseignements et documents strictement nécessaires à cette seule fin. Vous ne l’établissez pas vous-même. Un soupçon sur l’opportunité d’un arrêt, ou même un avis défavorable de contre-visite, ne vous ouvre donc rien à ce titre. À réception, il vous revient de transmettre ces éléments à l’organisme assureur auquel le salarié est affilié, dans des conditions qu’un décret doit préciser. La fabrication d’un faux avis d’arrêt, déjà compliquée par le formulaire sécurisé de 2025, coûte ainsi au salarié le complément de son employeur en plus de ses indemnités.

Les indemnités journalières de sécurité sociale, ensuite, ces fameuses IJSS que la caisse verse au salarié en arrêt. Elles demeurent à 50 % du salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond de rémunération fixé à 1,4 SMIC, soit un maximum de 42,97 € par jour depuis le 1er juillet 2026. Gardez-vous d’un piège de calendrier : ce plafonnement de l’assiette à 1,4 SMIC est entré en vigueur en avril 2025, il ne doit rien à la réforme de septembre. Confondre les deux revient à mêler deux horloges qui n’ont jamais tourné ensemble.

La subrogation, enfin, ce mécanisme par lequel vous percevez les IJSS directement, à la place du salarié, dès lors que vous maintenez sa rémunération : vous avancez l’intégralité, la caisse vous rembourse sa part. Ce circuit, qui vous évite de courir après des sommes déjà versées au salarié, fonctionne exactement comme la veille de la réforme. Retenez-en cependant une conséquence, car elle commande toute la suite de ce guide : en subrogation, chaque incident qui frappe l’indemnisation du salarié vous frappe d’abord, puisque c’est vous qui avez avancé l’argent.

Pour être complet, le troisième décret du 12 juin 2026, le n° 2026-501, plafonne à quatre ans la durée d’indemnisation des arrêts nés d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle. Mais il ne vise que les sinistres survenus à compter du 1er janvier 2027 : autre régime, autre calendrier, à ranger hors de la réforme de septembre.

L’arrêt long vous arrive désormais en tranches

Cette partie du sujet ne se voit que depuis le bureau du dirigeant, ce qui explique qu’aucune fiche grand public ne la traite. Avant la réforme, un arrêt de quatre ou cinq mois vous parvenait en un ou deux avis. Depuis, le médecin découpe le même arrêt : un premier de 31 jours, puis des prolongations de 62 jours au plus. Là où vous suiviez deux échéances, vous en suivez quatre ou cinq.

Première précision, qui désamorce une idée fausse promise à un bel avenir : vous n’avez pas à redéposer une déclaration à chaque prolongation. Le signalement d’arrêt de travail en DSN, qui a remplacé l’attestation de salaire papier et déclenche le versement des indemnités, ne se refait pas à chaque tranche. Tant que le motif reste le même, sans interruption, et que la durée totale n’excède pas six mois, vous vous bornez à ajuster la date de fin prévisionnelle ; ce n’est qu’au-delà de six mois qu’une nouvelle attestation s’impose. Votre charge déclarative, en elle-même, n’explose pas.

Le risque est ailleurs, et il est plus sournois : il tient à la continuité. Tant que l’avis de prolongation n’est pas entre vos mains, rien ne justifie l’absence sur la période qui s’ouvre. Si la paie tourne et que l’avis manque, deux situations, aussi inconfortables l’une que l’autre. Soit vous avez maintenu le salaire à découvert, sur des jours que plus aucun arrêt ne couvre, et il faudra régulariser. Soit vous l’avez suspendu, et vous devrez le rétablir rétroactivement dès l’avis reçu, avec le risque d’un salarié convaincu, à tort, qu’on lui coupe ses droits. Dans les deux cas, côté subrogation, les indemnités que vous escomptiez peuvent tarder, voire vous échapper, si la caisse ne discerne pas la continuité de l’arrêt. Vous avez avancé l’argent ; il ne revient pas au rythme prévu.

Le retard du salarié coûte désormais de l’argent, et il vous en coûte

Un mécanisme dort dans le code de la sécurité sociale depuis 2004, sans avoir jamais beaucoup servi, et la fragmentation vient de le réveiller. Lorsque l’arrêt n’est pas prescrit de façon dématérialisée, le salarié dispose de deux jours pour envoyer son avis à la caisse (article R. 321-2). Un premier retard ne lui coûte rien : la caisse l’informe du retard constaté et de la sanction qu’il encourt en cas de récidive. Au second envoi tardif dans les vingt-quatre mois suivant la prescription de l’arrêt en cause, les indemnités journalières de la période courant entre la prescription et l’envoi sont réduites de 50 %, sauf hospitalisation ou impossibilité établie (article D. 323-2).

Cette règle visait un salarié qui déposait deux ou trois avis par an. Avec un arrêt long scindé en quatre ou cinq avis, chacun soumis au même délai, la fenêtre de vingt-quatre mois se remplit d’occasions qu’elle ne connaissait pas. Et pour l’employeur subrogé, l’affaire se corse au décompte : les indemnités amputées sont celles que la caisse lui verse.

Ce que coûte le second avis transmis en retard

50 % des indemnités journalières de la période

Compté
par salarié, sur les jours courant de la prescription de l’arrêt à l’envoi effectif de l’avis
Manquement visé
second envoi tardif à la caisse dans les vingt-quatre mois suivant un premier retard notifié
Prononcé par
la caisse primaire d’assurance maladie
Base
R. 321-2 et D. 323-2 du code de la sécurité sociale

La sanction frappe l’assuré. En subrogation, elle atterrit sur vos comptes, puisque vous avez maintenu l’intégralité du salaire et que la caisse ne vous rembourse que ce qu’elle doit au salarié. Vous ne pouvez pas contester à sa place, et vous ne récupérez pas la différence auprès de lui : l’écart reste une charge d’exploitation.

Depuis le 1er juillet 2025, une seconde exigence de forme s’est ajoutée, et le décret n° 2025-587 du 28 juin 2025 l’a inscrite dans le même article R. 321-2. L’avis papier doit être établi sur un formulaire homologué que la caisse fournit au praticien, muni de dispositifs d’authentification, et le salarié doit adresser à la caisse l’original signé qu’il a reçu. Les photocopies et les scans sont écartés. Un avis reçu chez vous par simple photographie ne vous renseigne donc pas sur ce que la caisse a réellement reçu, et l’écart entre les deux ne se découvre qu’au moment du remboursement.

Qui signe la prolongation

Un second risque suit la même cadence, et il se voit encore moins. L’article L. 162-4-4 du code de la sécurité sociale réserve l’indemnisation d’une prolongation au médecin qui a prescrit l’arrêt initial, au médecin traitant, à la sage-femme ou au chirurgien-dentiste, sauf impossibilité dûment justifiée par l’assuré. La règle est ancienne et passait jusqu’ici presque inaperçue, un arrêt long ne comptant qu’une ou deux prolongations. À quatre ou cinq, la probabilité que l’une d’elles soit signée par un remplaçant, un service d’urgence ou le premier praticien disponible cesse d’être théorique. Or l’enjeu dépasse la seule subrogation : le maintien de salaire de l’article L. 1226-1 suppose lui aussi que le salarié soit pris en charge par la sécurité sociale, en sorte qu’une tranche non indemnisée fragilise les deux étages à la fois.

La téléconsultation, vers laquelle un salarié se tourne naturellement quand son médecin n’a plus de créneau avant trois semaines, ferme le piège au lieu de l’ouvrir. Le troisième alinéa de l’article L. 6316-1 du code de la santé publique, auquel l’article L. 162-4-4 renvoie expressément, interdit qu’une prescription ou un premier renouvellement par acte de télémédecine porte sur plus de trois jours, ou porte à plus de trois jours la durée d’un arrêt en cours ; et il ferme tout renouvellement ultérieur par cette voie. Deux exceptions subsistent, l’acte accompli par le médecin traitant ou la sage-femme référente, et l’impossibilité, dûment justifiée par le patient, de consulter en présence un professionnel compétent. Un praticien exerçant à titre principal à l’étranger, quant à lui, ne peut plus prescrire ni renouveler aucun arrêt par télémédecine.

Le réflexe utile tient en un coup d’œil : regarder qui signe chaque avis et, si le nom change, inviter le salarié à justifier l’impossibilité tant que le dossier est frais. Demandée en septembre, la régularisation passe en routine ; réclamée en janvier sur un rapprochement de subrogation, elle devient un dossier à défendre.

Multipliez ces jointures par le nombre de prolongations que réclame un arrêt de plusieurs mois : là où deux points de contrôle suffisaient, il en faut quatre ou cinq, sur des dossiers qui courent plusieurs mois.

Le trou entre deux avis

Le scénario qui coûte cher tient tout entier au décalage. Une prolongation prescrite avec deux jours de retard, un avis qui dort dans une boîte aux lettres, et vous voilà avec une période d’absence non couverte au beau milieu d’un arrêt par ailleurs parfaitement réel. Sur un dossier isolé, on rattrape. Sur plusieurs arrêts longs menés de front, sans suivi des échéances, c’est le genre d’erreur qui se découvre trois mois plus tard, sur un rapprochement de paie, quand tout est devenu plus difficile à reconstituer.

Le calendrier d’un arrêt qui s’installe

Un arrêt long fait courir plusieurs compteurs à la fois, dont deux seulement viennent de la réforme du 1er septembre. Les autres existaient de longue date, et la fragmentation les rend simplement plus faciles à manquer, parce que l’employeur qui suit des avis finit par oublier qu’il doit suivre une absence.

Les bornes légales d’un arrêt maladie qui se prolonge

  1. Recevoir le premier avis, et vérifier que le salarié l’a envoyé à la caisse

    dans les 2 jours de l’interruption, quand l’arrêt n’est pas prescrit de façon dématérialiséeR. 321-2 CSS

    Le délai qui vous concerne, vous, ne figure dans aucun texte : il vit dans votre convention collective ou votre règlement intérieur, le plus souvent 48 heures. Vérifiez le vôtre, c’est lui qui rend une relance légitime.

    au second retard dans les 24 mois, les indemnités journalières de la période sont réduites de moitié

  2. Première prescription

    31 jours au plusR. 162-1-7-1 CSS

    Au-delà, le médecin prolonge, ou justifie par écrit un dépassement au regard de la situation du patient.

  3. Informer le salarié de la visite de préreprise

    dès que l’arrêt dépasse 30 joursL. 4624-2-4 et R. 4624-29

    L’initiative de la visite ne vous appartient pas ; l’information du salarié sur cette possibilité, si. C’est une obligation à part entière, que le texte met à votre charge en une phrase.

  4. Proposer le rendez-vous de liaison

    à partir de 30 jours d’arrêtL. 1226-1-3 et D. 1226-8-1

    L’employeur ou le salarié peut le demander, et vous devez informer celui-ci qu’il peut le solliciter. Son refus d’y venir ne peut lui être opposé d’aucune manière.

  5. Chaque prolongation

    62 jours au plus, prescrite par le médecin de l’arrêt initial, le médecin traitant, la sage-femme ou le chirurgien-dentisteR. 162-1-7-1 et L. 162-4-4 CSS

    Au-delà de trois mois de renouvellement, le prescripteur peut solliciter l’avis du service du contrôle médical. La faculté lui appartient, elle ne se déclenche pas toute seule.

    à défaut, et sauf impossibilité justifiée par le salarié, la prolongation n’est pas indemnisée

  6. Saisir le service de prévention et de santé au travail pour la visite de reprise

    dès la connaissance de la date de fin de l’arrêt, après 60 jours d’absence pour maladie non professionnelleR. 4624-31

    Quatre tranches de cinquante jours forment une absence de deux cents jours, et le seuil était franchi dès la deuxième.

    l’examen a lieu le jour de la reprise effective, et au plus tard dans les 8 jours qui suivent

Deux repères de gestion complètent ces bornes sans figurer dans un article. Au-delà de six mois d’arrêt continu, l’attestation de salaire se refait entièrement, là où les prolongations antérieures se traitaient par une simple correction de la date de fin prévisionnelle. Et le premier jour indemnisé par vous reste le huitième en maladie ordinaire, la carence de sept jours n’ayant pas davantage bougé que le reste.

Le retard, la mise en demeure et la faute

Puisque les prolongations se multiplient, les retards de transmission suivent. La tentation est humaine : un employeur excédé de courir après les justificatifs finit par se demander s’il ne tiendrait pas là une faute, de quoi sanctionner, voire rompre. Trois arrêts de la chambre sociale dessinent la ligne, et elle ne passe pas où l’intuition la place.

Le premier écarte la sanction, et il le dit dans des termes qu’il faut lire de près. « Ne constitue pas une faute grave la seule absence de justification par un salarié de la dernière prolongation de son arrêt de travail dès lors que l’employeur a été informé de l’arrêt de travail initial » (Cass. soc., 26 oct. 2010, n° 09-65.020). Deux mots portent tout le reste : « seule » et « dernière ». La cour d’appel avait écarté tous les autres griefs, il ne restait qu’un justificatif manquant, et la Cour de cassation refuse qu’un dossier tienne là-dessus. La logique est limpide : vous savez que le salarié est malade, et un avis qui tarde vous complique la gestion sans rien vous cacher de la réalité de l’absence.

L’écrit, en revanche, déplace entièrement le terrain. Un aide-maçon est en arrêt depuis janvier 2009 ; l’employeur reçoit le certificat initial, puis trois avis de prolongation qui expirent le 15 avril. Plus rien ensuite. Le 10 juin, l’employeur le met en demeure de justifier son absence ; le silence continue ; le licenciement pour faute grave est notifié le 24 juillet. Le salarié se pourvoit en cassation, et la chambre sociale rejette son pourvoi : l’absence injustifiée pendant une longue période et sa persistance malgré la mise en demeure constituent une violation des obligations du contrat d’une importance telle qu’elle rendait impossible le maintien du salarié (Cass. soc., 28 oct. 2014, n° 13-17.429). Sept ans plus tard, la solution est reprise à l’identique contre un gestionnaire locatif qui n’avait ni justifié son absence ni manifesté son intention de reprendre, laissant l’employeur dans l’ignorance de ses intentions (Cass. soc., 13 janv. 2021, n° 19-10.437).

Ce qui a fait basculer les deux dossiers perdus par les salariés

Dans l’affaire de 2014 comme dans celle de 2021, l’employeur avait bien reçu l’arrêt initial, et dans la première il avait même reçu trois prolongations. Ce n’est donc pas l’ignorance de l’arrêt qui a emporté la décision. Trois éléments se cumulent dans les deux espèces : une absence prolongée que plus aucun avis ne couvrait, une mise en demeure écrite de justifier ou de reprendre le poste, et le silence du salarié après cette mise en demeure. Dans l’affaire de 2010, où la faute grave est écartée, aucun de ces trois éléments n’était réuni : il manquait un seul justificatif, celui de la dernière prolongation.

Une précision s’impose, sous peine de transformer ce constat en mauvais conseil. Ce que la mise en demeure apporte est une date : celle où le salarié a été sommé de justifier son absence ou de reprendre son poste. C’est le silence postérieur à cette date que le juge apprécie, et sa durée. Adressée sur un décalage de quelques jours à un salarié qui finit par produire son avis, elle laisse le retard pour ce qu’il est. Envoyez-la d’abord pour obtenir le document ; son intérêt probatoire n’apparaît que si personne ne répond.

D’où trois voies, dont l’ordre importe plus que le contenu.

RelancerMettre en demeureEngager une procédure disciplinaire
Quandà l’approche du terme de la tranche en cours, avant l’échéancel’échéance est passée, aucun avis n’est parvenu, le salarié ne répond plusla mise en demeure est restée sans réponse et l’absence reste sans justification
Formeappel, courriel, message : rien d’imposéécrit daté, recommandé ou remis contre décharge, demandant de justifier l’absence ou de reprendre le posteconvocation à entretien préalable et procédure complète
Ce que vous obtenezl’avis, dans la grande majorité des casle document, ou la preuve datée du silencela rupture, si le silence a duré
Ce que vous risquezrien, tant que vous ne demandez rien sur la maladierien, à condition de ne préjuger d’aucune sanctionla requalification, si un avis couvrant la période finit par arriver

Ce que vous devrez montrer

Sur un arrêt fragmenté, la question qui tranche un litige se pose en deux temps : qu’aviez-vous reçu, et quand. Conservez pour chaque tranche la date de réception de l’avis, le canal par lequel il est arrivé, et la trace écrite de chaque relance. Ces pièces servent trois usages différents : elles établissent la continuité devant la caisse, elles datent le point de départ d’une éventuelle mise en demeure, et elles montrent au juge un employeur qui a cherché à savoir avant de sanctionner.

Avant d’engager quoi que ce soit, posez-vous donc la seule question qui commande la suite : suis-je informé que cet arrêt se poursuit, ou dans le noir complet depuis une date que je peux nommer ?

Le motif, lui, reste secret

La réforme apporte une nouveauté qui nourrit un espoir, qu’il faut éteindre aussitôt : depuis le 1er septembre 2026, le médecin doit justifier par écrit le motif de l’arrêt, en application de l’article L. 162-4-1 du code de la sécurité sociale. Beaucoup d’employeurs ont cru y lire la fin du brouillard, l’accès enfin à la raison de l’absence. Il n’en est rien. Cette justification figure sur les seuls documents adressés à l’Assurance maladie, pour éclairer le contrôle médical. Sur le volet qui vous parvient, à vous, rien n’apparaît : le secret médical sort de la réforme aussi étanche qu’il y entrait.

La conséquence pratique mérite d’être martelée, car on glisse vite de la curiosité à la faute. Vous n’avez pas le droit d’interroger le salarié sur la nature de sa maladie, ni de joindre son médecin traitant, ni de subordonner le maintien de salaire à une explication sur sa pathologie. Ce qui se contrôle, c’est la réalité et le bien-fondé de l’arrêt, par les voies dédiées que sont le contrôle médical de la caisse et la contre-visite. Aucune de ces deux voies ne vous livre jamais un diagnostic.

Deux contrôles à ne pas confondre

C’est l’autre confusion classique, et elle revient au galop dès qu’un arrêt s’éternise. Deux contrôles coexistent ; ils n’ont ni le même maître ni le même objet, et les mêler conduit à se croire des pouvoirs qu’on n’a pas.

Le premier est celui de la CPAM, et c’est lui que la réforme retouche. Au-delà de trois mois de renouvellement, le médecin prescripteur peut solliciter l’avis du service du contrôle médical, qui appréciera l’opportunité de poursuivre l’arrêt. Le « peut » mérite qu’on s’y arrête : le texte ouvre une faculté au praticien, sans armer de contrôle qui se déclencherait de lui-même à date fixe. N’en espérez donc pas d’effet automatique sur vos dossiers. Contrôle médical, entre praticiens, sur lequel vous n’avez pas la main : il sert l’Assurance maladie, et vous n’en profitez qu’indirectement, le jour où il met un terme à un arrêt qui s’éternise.

Le second est votre levier propre : la contre-visite médicale patronale. Encadrée depuis le décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024, codifié aux articles R. 1226-10 et suivants du code du travail, elle vous autorise à mandater un médecin pour vérifier qu’un arrêt est justifié, sa durée comprise. Le salarié doit vous communiquer son lieu de repos s’il diffère de son domicile et, si son arrêt porte la mention « sortie libre », les horaires auxquels la contre-visite peut s’effectuer. Le médecin contrôleur vous informe ensuite du caractère justifié ou non de l’arrêt, ou de l’impossibilité de contrôler si le salarié s’y est dérobé, ce qui peut vous autoriser à suspendre le complément de salaire. Là encore, aucun élément de diagnostic ne vous est livré. Sachez enfin que les deux contrôles communiquent dans un seul sens, et depuis longtemps : le médecin que vous mandatez transmet son rapport au service du contrôle médical sous quarante-huit heures, lequel peut demander la suspension des indemnités journalières ou procéder à un nouvel examen (article L. 315-1, II). Depuis le 27 juin 2026, ce service doit vous informer par un avis écrit motivé lorsqu’il ne suit pas votre médecin, le texte précisant du même trait que le manquement à cette obligation n’ouvre droit à aucun recours. Cet outil exigeant obéit à une procédure stricte et se prête mal à l’improvisation ; il mérite d’être maîtrisé pour lui-même avant d’être dégainé.

La reprise : le compteur que la fragmentation fait oublier

L’angle mort le plus coûteux de la réforme se referme au moment précis où le dirigeant croit son dossier fini, et la réforme l’a creusé sans l’avoir voulu.

L’article R. 4624-31 du code du travail impose une visite de reprise après une absence d’au moins soixante jours pour cause de maladie ou d’accident non professionnel, et après trente jours seulement lorsque l’absence résulte d’un accident du travail. Lisez le déclencheur : le texte compte des jours d’absence, là où votre tableau de suivi, depuis septembre, compte des avis. Un salarié absent quatre mois pour une même pathologie a franchi le seuil, que son absence lui soit venue en un avis ou en quatre. L’employeur qui, par habitude neuve, raisonne tranche par tranche verra passer quatre avis de moins de soixante jours et conclura qu’aucun d’eux n’atteint le seuil.

Personne ne vous a prévenu que ce compteur existait, et il ne figure sur aucun des avis que vous recevez : c’est à vous de l’ouvrir, dans votre tableur, et de l’incrémenter à chaque tranche. L’enjeu dépasse la formalité, puisque cet examen conditionne la reprise elle-même. Un salarié qu’on laisse revenir à son poste sans qu’il ait eu lieu travaille dans une situation que ni le médecin du travail ni votre assureur n’ont validée, et l’obligation d’organiser la visite pèse sur vous seul. Dès que vous connaissez la date de fin de l’arrêt, vous saisissez le service de prévention et de santé au travail, qui organise l’examen le jour de la reprise effective et, au plus tard, dans les huit jours qui suivent.

Comptez l’absence, non les avis

Quatre prolongations de cinquante jours ne font pas quatre arrêts de moins de soixante jours. Elles font une absence de deux cents jours, et la visite de reprise était due dès le deuxième mois. L’erreur guette d’abord l’employeur consciencieux, celui qui suit ses avis un par un, quand le code, lui, additionne des jours d’absence.

Le décret n° 2026-503 du 12 juin 2026, publié le même jour que ceux du plafonnement et passé presque inaperçu, ouvre ici une porte utile. La visite de reprise n’est plus requise, sauf demande du médecin du travail, de l’employeur ou du salarié, lorsque deux conditions sont réunies : le salarié a bénéficié d’une visite de préreprise dans les trente jours précédant sa reprise effective, et le médecin du travail a conclu au cours de cette visite qu’aucune mesure d’aménagement, d’adaptation ou de transformation du poste, ni aucune mesure d’aménagement du temps de travail, n’était nécessaire. Une préreprise bien conduite dispense donc de l’examen de reprise, et le retour se prépare pendant l’arrêt plutôt qu’après lui. Ces dispositions s’appliquent aux arrêts délivrés depuis le 15 juin 2026.

Encore faut-il que cette visite de préreprise ait lieu, et elle ne dépend pas de vous. L’article L. 4624-2-4 en réserve l’initiative au travailleur, à son médecin traitant, aux services médicaux de l’assurance maladie ou au médecin du travail ; l’employeur, lui, doit informer le salarié de la possibilité de la solliciter. Cette obligation d’information est courte, elle tient en une phrase du code, et c’est pourtant elle qui met en marche toute la mécanique du retour. Elle vaut dès que l’arrêt dépasse trente jours.

Rendez-vous de liaison

Entretien entre l’employeur et le salarié dont le contrat est suspendu depuis plus de trente jours, associant le service de prévention et de santé au travail. Il informe le salarié des actions de prévention de la désinsertion professionnelle, de la visite de préreprise et des mesures d’aménagement possibles. L’un comme l’autre peut en prendre l’initiative, et aucune conséquence ne peut être tirée du refus du salarié de s’y rendre (articles L. 1226-1-3 et D. 1226-8-1 du code du travail).

Le rendez-vous de liaison est le seul contact que la loi organise entre vous et un salarié en arrêt, et beaucoup de dirigeants ignorent qu’il existe. Il ne porte ni sur la maladie, ni sur la date de retour, ni sur les intentions du salarié : il l’informe de ce qui existe pour préparer sa reprise, et cette information ouvre des portes réelles. L’essai encadré et la convention de rééducation professionnelle en entreprise, tous deux financés par la caisse au titre de l’article L. 323-3-1 du code de la sécurité sociale, permettent à un salarié de tester un poste ou de se réadapter sans perdre ses indemnités journalières ; le temps partiel thérapeutique et l’aménagement de poste complètent la palette. Un arrêt jalonné tous les deux mois offre autant de moments naturels pour ouvrir cette conversation, quand cinq mois de silence ne préparent aucun retour.

Et votre contrat de prévoyance ?

Un angle que presque personne ne soulève, et qui réserve parfois des surprises. Beaucoup d’entreprises couvrent l’incapacité de travail par un contrat collectif de prévoyance, qui prend le relais au-delà d’une certaine franchise et pour une durée donnée. Or ces contrats raisonnent souvent « par arrêt ». Un arrêt long fragmenté en plusieurs avis successifs peut, selon la rédaction du vôtre, s’analyser autrement qu’un arrêt continu, sur le décompte de la franchise comme sur la durée d’indemnisation. Rien d’alarmant en soi, à ceci près qu’une vérification s’impose : un appel à votre assureur ou à votre courtier, pour confirmer que le fractionnement n’ouvre pas une faille dans votre couverture, coûte moins qu’une mauvaise découverte sur un dossier en cours.

La méthode EDS : suivre les prolongations sans rupture

Tout ce qui précède se ramène à une discipline simple, et c’est précisément là qu’une TPE sans service paie dédié peut décrocher. Le droit ne réclame de vous aucune prouesse ; il réclame de ne pas perdre le fil d’un arrêt qui arrive désormais en morceaux.

L’ordre dans lequel nous tenons un arrêt long

  • Ouvrir une ligne par salarié en arrêt, avec la date de début, la date de fin prévisionnelle de la tranche en cours, et le cumul d’absence depuis le premier jour.
  • Programmer la relance deux jours avant chaque échéance de tranche, plutôt que de constater le retard après.
  • Dater la réception de chaque avis, et conserver le canal par lequel il est arrivé.
  • Regarder qui signe chaque prolongation, et faire justifier l’impossibilité dès que le nom change.
  • Vérifier la continuité entre les tranches pendant la préparation de la paie, tant qu’un coup de fil suffit encore à la rétablir.
  • Surveiller le cumul d’absence, qui déclenche l’information sur la préreprise à trente jours et la visite de reprise à soixante.
  • Archiver les avis, les relances et les décisions de maintien ou de suspension, arrêt par arrêt.

Deux gestes des premiers jours décident du reste, et le calendrier est le premier. Tenez, pour chaque salarié en arrêt, la date de début et la date de fin prévisionnelle de la tranche en cours : c’est votre horloge. La fin de tranche approche ? Un nouvel avis doit suivre, et vous le réclamez avant l’échéance. Relancer un salarié deux jours avant le terme de son arrêt n’a rien d’inquisiteur ; vous ne lui demandez pas pourquoi il est malade, vous lui rappelez qu’il vous faut le justificatif de la suite, dans son intérêt autant que dans le vôtre, puisque son propre délai de deux jours envers la caisse court en parallèle du vôtre.

La datation est le second. Sur un arrêt fragmenté, une absence couverte par un avis arrivé le 8 pour une période courant du 1er ne se traite pas comme un avis reçu à temps, et vous ne reconstituerez pas cet écart six mois plus tard de mémoire. Notez donc la date de réception le jour où l’avis arrive, avec son canal de transmission : cette ligne de tableur, qui ne coûte rien à tenir, sert tour à tour votre paie, votre subrogation et votre défense.

Vient enfin le cumul d’absence, le compteur que personne ne tenait avant la réforme parce que personne n’en avait besoin. Additionnez les jours, tranche après tranche, dans la même colonne. C’est lui qui vous dira quand informer le salarié de la visite de préreprise, quand lui proposer un rendez-vous de liaison, et à partir de quand la visite de reprise s’imposera au retour.

Pour chaque arrêt en cours

  • La date de fin prévisionnelle de la tranche en cours est-elle notée et suivie ?
  • Une relance est-elle programmée avant l’échéance, pour obtenir l’avis suivant à temps ?
  • La date de réception de chaque avis est-elle enregistrée, avec son canal ?
  • Le prescripteur de chaque prolongation figure-t-il parmi ceux que l’article L. 162-4-4 admet ?
  • La continuité entre les tranches est-elle vérifiée avant chaque paie ?
  • La subrogation est-elle correctement renseignée, et les remboursements rapprochés des sommes avancées ?
  • Le cumul d’absence est-il tenu, et le seuil de soixante jours anticipé pour la visite de reprise ?
  • Le salarié a-t-il été informé de la possibilité de demander une visite de préreprise, au-delà de trente jours ?
  • Au-delà de six mois d’arrêt, la nouvelle attestation de salaire a-t-elle été transmise ?

Les erreurs qui coûtent cher

Croire que la réforme augmente ce que vous payez est la première, et elle dépense de l’énergie au mauvais endroit : on s’inquiète de la facture, qui ne bouge pas, au lieu de surveiller le suivi, qui, lui, devient critique.

Attendre l’avis de prolongation sans le relancer en est une deuxième. Le retard d’un justificatif est désormais la situation banale, et l’employeur qui subit les avis au lieu de les anticiper finira par maintenir un salaire à découvert, ou par suspendre à tort.

Sanctionner un simple retard de transmission en est une troisième, et des plus coûteuses. Un avis tardif sur un arrêt que vous connaissez ne fonde rien : la mise en demeure écrite, restée sans réponse sur une absence que plus aucun avis ne couvre, est ce qui a fait admettre la faute grave en 2014 comme en 2021.

Ne pas regarder qui signe la prolongation est l’erreur neuve, celle que personne ne commettait quand un arrêt long tenait en deux avis. Un avis établi par un praticien de passage, ou obtenu en téléconsultation au-delà de trois jours, expose la période à un refus d’indemnisation, et vous à une avance qui ne revient pas.

Compter les avis au lieu de compter l’absence conduit droit au seuil manqué. La visite de préreprise s’annonce à trente jours, la visite de reprise s’impose à soixante, et ces deux compteurs additionnent des jours d’absence sans se soucier du nombre de documents que vous avez reçus.

Confondre le contrôle de la CPAM et la contre-visite fait croire à des pouvoirs qu’on n’a pas. Le premier appartient à la caisse et le prescripteur peut le solliciter au-delà de trois mois ; la seconde est votre outil, sous des conditions strictes. Les mêler, c’est se tromper de porte au moment d’agir.

Espérer connaître enfin le motif de l’arrêt est une illusion qui peut virer à la faute. La justification écrite du médecin part à la caisse, et le volet qui vous parvient reste muet. Interroger le salarié sur sa pathologie ou contacter son médecin vous expose sans rien vous apprendre.

Oublier le contrat de prévoyance, enfin, c’est laisser un fractionnement d’arrêt creuser un trou de couverture qu’on ne découvre qu’au moment où il fait mal.

Reste à nommer ce que la réforme déplace exactement. Le montant que vous versez et le calendrier de la maladie lui échappent tous les deux, le premier parce qu’il vit dans le code du travail, le second parce qu’il se décide dans un cabinet médical. Ce qu’elle change tient à l’unité que vous avez sous les yeux : hier un arrêt, aujourd’hui une suite d’avis dont chacun peut manquer, arriver en retard ou porter la signature du mauvais praticien. Trois colonnes dans un tableur suffisent à la suivre, la date de fin de tranche, la date de réception, le cumul d’absence, et l’employeur qui les tient traverse la réforme sans y penser. Celui qui découvre le sujet en janvier, sur un rapprochement de subrogation, reconstitue six mois de dossier à l’aveugle et vérifie au passage si un arrêt qui s’éternise ne le conduit pas vers une rupture pour absence prolongée, dont les conditions ne pardonnent aucune approximation.

Questions fréquentes

Qu’est-ce qui change pour les arrêts de travail depuis le 1er septembre 2026 ?

Un médecin ne peut plus prescrire un premier arrêt de plus de 31 jours, ni une prolongation de plus de 62 jours. Un arrêt long n’arrive donc plus en un seul bloc, mais en plusieurs avis successifs. Pour l’employeur, ni le maintien de salaire ni les indemnités journalières ne changent : seule la fréquence des avis à recevoir et à suivre augmente.

Un arrêt de travail peut-il encore dépasser un mois ?

Oui. Le plafond de 31 jours porte sur ce qu’un médecin peut prescrire en une fois, et non sur la durée de la maladie. Au-delà, il prolonge, par tranches de 62 jours au maximum. Il peut même dépasser ces plafonds en justifiant par écrit sa décision, lorsque la situation le justifie : l’état du patient, la nature de son activité, ou l’impossibilité d’obtenir un nouveau rendez-vous à temps.

Mon salarié était déjà en arrêt avant le 1er septembre 2026 : le plafond s’applique-t-il ?

Pas à l’avis en cours. Le décret du 12 juin 2026 vise les prescriptions et les prolongations établies à compter du 1er septembre 2026 : un arrêt prescrit en juillet ou en août pour trois mois court jusqu’à son terme, sans démarche de votre part. La première prolongation établie après le 1er septembre, en revanche, est plafonnée à 62 jours. Les arrêts anciens basculent donc un par un, au fil des renouvellements, et non tous le même jour.

La réforme change-t-elle le maintien de salaire que je dois verser ?

Non. Le maintien de salaire prévu par l’article L. 1226-1 du code du travail est inchangé : 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours, puis deux tiers pendant les 30 jours suivants pour un salarié d’un an d’ancienneté, ces durées s’allongeant ensuite avec l’ancienneté. Le délai de carence de 7 jours en maladie ordinaire reste lui aussi identique. Attention toutefois à ne pas confondre les textes de l’année : une autre loi de 2026, celle du 25 juin sur la lutte contre les fraudes, a modifié ce même article L. 1226-1 pour en écarter le bénéfice en cas de fraude avérée aux indemnités journalières.

Puis-je cesser de verser le complément si mon salarié a fraudé ?

Depuis le 27 juin 2026, oui, mais dans un cas précis et sur information de la caisse. L’article 20 de la loi n° 2026-534 du 25 juin 2026 écarte le maintien de salaire de l’article L. 1226-1 en cas de fraude avérée du salarié pour obtenir des indemnités journalières, dès lors que vous en avez été informé au titre du VI de l’article L. 114-9 du code de la sécurité sociale. C’est la caisse qui caractérise la fraude et qui vous transmet les éléments strictement nécessaires à cette seule fin : un soupçon de votre part, un arrêt qui vous paraît opportun ou un avis défavorable de contre-visite ne suffisent pas. À réception, vous transmettez ces éléments à l’organisme de prévoyance auquel le salarié est affilié, dans des conditions qu’un décret doit préciser.

Que faire si je ne reçois pas la prolongation d’un arrêt à temps ?

Tant que vous n’avez pas l’avis de prolongation, rien ne justifie l’absence sur la période concernée. Le réflexe est de relancer le salarié avant l’échéance de chaque tranche plutôt qu’après, et de tracer la date de réception de chaque avis. Si vous avez maintenu le salaire à découvert, vous régularisez ; en subrogation, c’est le remboursement de vos indemnités journalières qui peut tarder ou vous échapper si la continuité de l’arrêt n’est pas établie.

Un salarié qui envoie son avis en retard perd-il ses indemnités journalières ?

Pas au premier retard. La caisse lui notifie le retard constaté et l’avertit de la sanction encourue. Au second envoi tardif dans les vingt-quatre mois suivant la prescription du premier arrêt en cause, les indemnités journalières de la période courant entre la prescription et l’envoi sont réduites de moitié (article D. 323-2 du code de la sécurité sociale), sauf hospitalisation ou impossibilité établie. Cette sanction vise le salarié, et elle vous atteint directement si vous êtes subrogé : vous encaissez la moitié de ce que vous avez avancé. Avec quatre ou cinq prolongations par arrêt long, la probabilité d’un second retard dans la fenêtre de deux ans augmente mécaniquement.

Une prolongation prescrite par un autre médecin que le médecin traitant est-elle indemnisée ?

Pas de plein droit. L’article L. 162-4-4 du code de la sécurité sociale réserve l’indemnisation de la prolongation au médecin qui a prescrit l’arrêt initial, au médecin traitant, à la sage-femme ou au chirurgien-dentiste, sauf impossibilité dûment justifiée par le salarié. Avec des prolongations plus nombreuses, le cas cesse d’être rare : un remplaçant, un service d’urgence, le premier praticien disponible. Si la caisse refuse d’indemniser la période et que vous êtes subrogé, l’avance reste sur vos comptes. Regardez qui signe chaque avis, et faites régulariser sans attendre.

Une prolongation obtenue en téléconsultation est-elle valable ?

Dans des limites étroites. L’article L. 6316-1 du code de la santé publique interdit qu’une prescription ou un premier renouvellement d’arrêt par télémédecine porte sur plus de trois jours, ou porte à plus de trois jours la durée d’un arrêt en cours, et ferme tout renouvellement ultérieur par cette voie. Deux exceptions seulement : l’acte accompli par le médecin traitant ou la sage-femme référente, et l’impossibilité, dûment justifiée par le patient, de consulter en présence un professionnel compétent. Un praticien exerçant à titre principal à l’étranger ne peut plus prescrire ni renouveler d’arrêt par télémédecine, quelle qu’en soit la durée.

Puis-je sanctionner un salarié qui transmet ses prolongations d’arrêt en retard ?

Le retard seul, non. La Cour de cassation juge que la seule absence de justification de la dernière prolongation ne constitue pas une faute grave dès lors que vous avez été informé de l’arrêt par le certificat initial (Cass. soc., 26 oct. 2010, n° 09-65.020). L’écrit change tout : lorsque l’absence n’est plus justifiée du tout et que le salarié ne répond pas à une mise en demeure, la chambre sociale admet la faute grave, et elle l’a fait deux fois (Cass. soc., 28 oct. 2014, n° 13-17.429, rejet du pourvoi du salarié ; Cass. soc., 13 janv. 2021, n° 19-10.437). Ce qui fait basculer un dossier tient donc à trois éléments réunis : une période que plus aucun avis ne couvre, une mise en demeure écrite de justifier ou de reprendre, et le silence qui lui succède.

Vais-je enfin connaître le motif de l’arrêt de mon salarié ?

Non. Depuis le 1er septembre 2026, le médecin doit certes justifier par écrit le motif de l’arrêt, mais sur les seuls documents adressés à l’Assurance maladie. Rien de ce motif n’apparaît sur le volet qui vous est destiné. Le secret médical n’est pas levé d’un pouce, et il vous reste interdit d’interroger le salarié ou son médecin sur la nature de sa pathologie.

Puis-je faire contrôler un salarié en arrêt ?

Oui, par la contre-visite médicale patronale, votre levier propre, encadré par le décret du 5 juillet 2024 (articles R. 1226-10 et suivants du code du travail). Un médecin que vous mandatez se prononce sur le caractère justifié de l’arrêt, y compris sa durée. C’est distinct du contrôle médical de la CPAM, que le médecin prescripteur peut désormais saisir de lui-même au-delà de trois mois de renouvellement. Le médecin contrôleur ne vous communique jamais le diagnostic.

Les tranches d’un arrêt fractionné se cumulent-elles pour la visite de reprise ?

Oui, et c’est le piège le plus coûteux de la réforme. L’article R. 4624-31 du code du travail déclenche la visite de reprise après une absence d’au moins soixante jours pour maladie ou accident non professionnel : le décompte suit la durée de l’absence, quel que soit le nombre d’avis qui la couvrent. Un arrêt de quatre mois reçu en quatre tranches de moins de soixante jours dépasse le seuil dès la deuxième. Dès que vous connaissez la date de fin de l’arrêt, vous saisissez le service de prévention et de santé au travail, qui organise l’examen le jour de la reprise effective et au plus tard dans les huit jours suivants.

Puis-je prendre contact avec un salarié en arrêt long ?

Oui, par le rendez-vous de liaison de l’article L. 1226-1-3 du code du travail, ouvert dès trente jours d’arrêt (article D. 1226-8-1). Il associe le service de prévention et de santé au travail, et sert à informer le salarié des actions de prévention de la désinsertion professionnelle, de la visite de préreprise et des aménagements possibles. L’employeur comme le salarié peuvent en prendre l’initiative, et vous devez informer le salarié qu’il peut le solliciter. Aucune conséquence ne peut être tirée de son refus d’y venir : ce rendez-vous prépare un retour, il ne contrôle rien.

La réforme change-t-elle les indemnités journalières ou la subrogation ?

Non, ni l’une ni l’autre. Les indemnités journalières restent à 50 % du salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond de 1,4 SMIC, soit un maximum de 42,97 € par jour depuis le 1er juillet 2026. La subrogation, par laquelle vous percevez ces indemnités à la place du salarié quand vous maintenez son salaire, fonctionne exactement comme avant.

Mon contrat de prévoyance est-il impacté par les arrêts fractionnés ?

C’est à vérifier auprès de votre assureur. Certains contrats collectifs apprécient la franchise et la durée d’indemnisation par arrêt. Un arrêt long désormais découpé en plusieurs avis successifs peut, selon la rédaction du contrat, être lu autrement qu’un arrêt continu. Mieux vaut le clarifier à froid que de le découvrir sur un dossier en cours.

Sources officielles

Les sources suivantes structurent le guide. Elles doivent être revues lors des mises à jour de fond.

Pour aller plus loin

Guide EDS Arrêt maladie d’un salarié : ce que l’employeur doit, peut et ne peut pas faire Maintien de salaire, contrôle de l’arrêt, absence qui dure, visite de reprise : ce que l’employeur doit à un salarié en arrêt, et ce qu’il peut exiger. Guide EDS Contre-visite médicale : ce que l’employeur peut suspendre, et ce qu’il doit prouver Contrôler un arrêt suspect : le droit qu’ouvre le complément de salaire, la procédure de 2024, ce qu’un avis défavorable permet, et la preuve à tenir. Guide EDS Congés payés pendant un arrêt maladie : ce que l’employeur doit calculer, reporter et prouver Acquisition, plafond de 24 jours, report de 15 mois, information obligatoire à la reprise : les règles des congés payés pendant un arrêt maladie. Veille sociale LFSS 2026 adoptée : les cinq mesures qui changent la paie dès janvier La loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 est adoptée le 16 décembre. RGDU, rupture conventionnelle à 40 %, congé de naissance : ce qui change. Veille sociale Arrêts maladie : l’IJSS maximale passe à 41,95 € pour les arrêts débutant en février 2026 À compter de février 2026, le plafond des IJSS maladie est revalorisé (41,95 €/jour). Impact sur maintien de salaire, subrogation et prévoyance. Veille sociale Absence prolongée : quand le licenciement reste possible Licencier un salarié absent pour maladie reste possible dans un cadre étroit : désorganisation, remplacement définitif et dossier probatoire.

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