Un de vos salariés est en arrêt depuis le printemps. Une lombalgie qui s’installe, un protocole de soins qui s’étire. Jusqu’à l’été, son médecin prescrivait deux mois d’un trait : un avis vous parvenait, vous mainteniez le salaire, la caisse vous remboursait les indemnités journalières par le jeu de la subrogation, et le dossier tournait tout seul. Depuis le 1er septembre 2026, le même arrêt vous arrive autrement, en tranches. Trente et un jours, puis soixante-deux, puis soixante-deux encore. À chaque échéance, un nouvel avis doit partir chez vous et à la caisse. Et le jour où la troisième prolongation tarde de quelques jours, parce que le rendez-vous a glissé d’une semaine, la paie est déjà lancée, le salaire court sur une période que plus aucun arrêt ne couvre, et la subrogation se grippe. Rien de spectaculaire. Multipliez la scène par trois salariés et par plusieurs mois, et vous tenez une charge de suivi qui n’existait pas hier.
Voilà le nerf de cette réforme, et voilà précisément ce que ratent les fiches qui fleurissent en ligne : elles recopient le plafonnement, s’alarment pour le salarié, oublient l’employeur. Or, pour vous, la réforme ne touche pas à la facture. Elle touche à la mécanique. Et une mécanique mal suivie ne se paie pas en cotisations supplémentaires ; elle se paie en trésorerie avancée à perte et en dossiers qui se défont à la couture.
À retenir d’emblée
La réforme s’adresse aux médecins, non à vous. Elle plafonne ce qu’un praticien peut prescrire d’un seul tenant, rien de plus. Votre obligation de maintien de salaire, le calcul des indemnités journalières, la subrogation : tout cela est identique au 2 septembre comme au 31 août. Le seul terrain qui bouge est celui de la gestion, et il bouge dans un angle mort.
Ce qui change vraiment le 1er septembre 2026
Le cadre tient en une loi et trois décrets, et il vaut la peine de les nommer, car la plupart des articles que vous lirez ailleurs écrivent « un mois, deux mois » sans jamais citer un texte. Le plafonnement procède de l’article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 (loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025), validé sur ce point par le Conseil constitutionnel. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 en fixe le chiffre : 31 jours pour une première prescription, 62 jours pour une prolongation. Un deuxième décret du même jour, le n° 2026-499, arrête à trois mois le seuil de renouvellement au-delà duquel le prescripteur peut saisir le service du contrôle médical de l’Assurance maladie.
- Avis de prolongation
Le nouvel avis d’arrêt qui prend le relais du précédent au-delà de son terme. Depuis le 1er septembre 2026, il ne peut porter sur plus de 62 jours. C’est le document pivot de votre gestion : celui que vous devez recevoir, dater, et chaîner au précédent sans laisser de trou entre deux périodes.
Un point de pure technique juridique éclaire tout le reste. Ces plafonds logent dans le code de la sécurité sociale, non dans le code du travail. Dès lors, la réforme agit sur la relation entre le médecin et l’Assurance maladie, sur ce qu’un praticien a le droit de coucher sur un avis d’arrêt. Elle ne touche à aucun moment la relation entre vous et votre salarié, laquelle relève, elle, du code du travail. Partant, votre maintien de salaire ne bouge pas d’une ligne : il n’est tout bonnement pas dans le champ du texte.
L’intention du gouvernement n’a rien d’obscur. Les arrêts maladie pèsent une dépense que l’exécutif chiffre autour de 18 milliards d’euros par an, en hausse continue. En imposant un point de contact médical plus fréquent sur les arrêts longs, l’État cherche à reprendre la main sur leur durée. C’est une logique de maîtrise des comptes sociaux, transposée dans votre quotidien sous une forme très prosaïque : des avis qui arrivent plus souvent.
Reste un contresens à dissiper sans attendre, car il affole inutilement salariés et dirigeants. Le plafond porte sur la prescription, jamais sur la maladie. Personne n’est renvoyé au travail au bout de 31 jours au prétexte que le compteur serait plein. Si l’état de santé l’exige, le médecin prolonge ; il peut même dépasser les plafonds en motivant par écrit sa décision, lorsque la situation le commande : la pathologie du patient, la nature de son activité, ou l’impossibilité de le revoir à temps faute d’offre de soins suffisante, en cohérence avec les recommandations de la Haute Autorité de santé. La durée de l’arrêt continue de se décider dans le cabinet du médecin. Ce qui change, c’est le rythme auquel elle se confirme.
Pour saisir l’ensemble d’un coup d’œil, avant d’entrer dans le détail :
| Ce qui change au 1er septembre 2026 | Ce qui ne change pas |
|---|---|
| Un premier arrêt plafonné à 31 jours, une prolongation à 62 jours | Le maintien de salaire (taux, durées, carence) |
| Les arrêts longs arrivent en tranches successives | Le calcul des indemnités journalières |
| Un avis de prolongation à recevoir et à tracer à chaque échéance | La subrogation |
| Le contrôle médical de la CPAM renforcé au-delà de 3 mois | Le secret médical : le motif ne vous est jamais transmis |
| Le médecin doit justifier le motif par écrit à la caisse | Votre levier de contrôle propre, la contre-visite patronale |
Ce qui ne change pas : votre facture
Avant d’entrer dans la gestion, posons ce qui ne bouge pas, car c’est là que se loge l’angoisse la plus répandue et la plus mal placée : la peur de payer davantage. Vous ne paierez pas davantage.
Le maintien de salaire, d’abord. C’est l’obligation, héritée de la loi de mensualisation de 1978 et codifiée à l’article L. 1226-1 du code du travail, de compléter les indemnités de la sécurité sociale pour garantir au salarié malade une fraction de sa rémunération. Pour un salarié comptant un an d’ancienneté, le complément porte le revenu à 90 % de la rémunération brute pendant 30 jours, puis aux deux tiers pendant 30 jours encore ; et ces durées s’allongent avec l’ancienneté, selon un barème que fixent les articles D. 1226-1 et D. 1226-2 du même code.
Ce barème, le voici en entier, parce qu’on le trouve rarement écrit noir sur blanc :
| Ancienneté dans l’entreprise | Indemnisation à 90 % | Puis aux deux tiers |
|---|---|---|
| 1 à 5 ans | 30 jours | 30 jours |
| 6 à 10 ans | 40 jours | 40 jours |
| 11 à 15 ans | 50 jours | 50 jours |
| 16 à 20 ans | 60 jours | 60 jours |
| 21 à 25 ans | 70 jours | 70 jours |
| 26 à 30 ans | 80 jours | 80 jours |
| 31 ans et plus | 90 jours | 90 jours |
La mécanique se double d’un délai de carence de 7 jours en maladie ordinaire, le complément ne s’ouvrant qu’au huitième jour d’arrêt ; il joue en revanche dès le premier jour en cas d’accident du travail. Et ce socle légal n’est qu’un plancher : nombre de conventions collectives suppriment la carence, allongent les durées ou rehaussent les taux, autant de points à vérifier dans votre branche avant tout calcul. Le détail des conditions, et de la prévoyance qui prolonge ce socle sur les arrêts longs, relève du cadre général de l’arrêt maladie ; ce qu’il faut retenir ici tient en une phrase : la réforme n’y a pas touché.
Les indemnités journalières de sécurité sociale, ensuite, ces fameuses IJSS que la caisse verse au salarié en arrêt. Elles demeurent à 50 % du salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond de rémunération fixé à 1,4 SMIC, soit un maximum de 42,97 € par jour depuis le 1er juillet 2026. Gardez-vous d’un piège de calendrier : ce plafonnement de l’assiette à 1,4 SMIC est entré en vigueur en avril 2025, il ne doit rien à la réforme de septembre. Les confondre, c’est mêler deux horloges qui n’ont jamais tourné ensemble.
La subrogation, enfin, ce mécanisme par lequel vous percevez les IJSS directement, à la place du salarié, dès lors que vous maintenez sa rémunération : vous avancez l’intégralité, la caisse vous rembourse sa part. Ce circuit, qui vous évite de courir après des sommes déjà versées au salarié, fonctionne exactement comme la veille de la réforme.
Pour être complet, un troisième décret du 12 juin 2026, le n° 2026-501, plafonne à quatre ans la durée d’indemnisation des arrêts nés d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle. Mais il ne vise que les sinistres survenus à compter du 1er janvier 2027 : autre régime, autre calendrier, à ranger hors de la réforme de septembre.
Le vrai changement : l’arrêt long arrive en tranches
Voici le cœur du dossier, celui qu’aucune fiche grand public ne traite, parce qu’il ne se voit que depuis le bureau du dirigeant. Avant la réforme, un arrêt de quatre ou cinq mois vous parvenait en un ou deux avis. Après, le même arrêt se découpe mécaniquement : un premier de 31 jours, puis des prolongations de 62 jours au plus. Là où vous suiviez deux échéances, vous en suivez quatre ou cinq. Chaque tranche est un avis que le salarié doit vous justifier, et transmettre à la caisse, dans le délai prévu par votre convention ou votre règlement intérieur, le plus souvent sous quarante-huit heures.
Première précision, qui désamorce une idée fausse promise à un bel avenir : non, vous n’aurez pas à redéposer une déclaration à chaque prolongation. Le signalement d’arrêt de travail en DSN, qui a remplacé l’attestation de salaire papier et déclenche le versement des indemnités, ne se refait pas à chaque tranche. Tant que le motif reste le même, sans interruption, et que la durée totale n’excède pas six mois, vous vous bornez à ajuster la date de fin prévisionnelle ; ce n’est qu’au-delà de six mois qu’une nouvelle attestation s’impose. Votre charge déclarative, en elle-même, n’explose pas.
Le risque est ailleurs, et il est plus sournois : il tient à la continuité. Tant que l’avis de prolongation n’est pas entre vos mains, rien ne justifie l’absence sur la période qui s’ouvre. Si la paie tourne et que l’avis manque, deux situations, aussi inconfortables l’une que l’autre. Soit vous avez maintenu le salaire à découvert, sur des jours que plus aucun arrêt ne couvre, et il faudra régulariser. Soit vous l’avez suspendu, et vous devrez le rétablir rétroactivement dès l’avis reçu, avec le risque d’un salarié convaincu, à tort, qu’on lui coupe ses droits. Dans les deux cas, côté subrogation, les indemnités que vous escomptiez peuvent tarder, voire vous échapper, si la caisse ne discerne pas la continuité de l’arrêt. Vous avez avancé l’argent ; il ne revient pas au rythme prévu.
Multipliez ces jointures par le nombre de prolongations désormais nécessaires, et le constat s’impose : la réforme n’a pas alourdi votre facture, elle a multiplié les coutures de vos dossiers. Et une couture cède toujours au point qu’on n’a pas surveillé.
Le trou entre deux avis
Le scénario qui coûte cher n’est pas la mauvaise foi du salarié, c’est le décalage. Une prolongation prescrite avec deux jours de retard, un avis qui dort dans une boîte aux lettres, et vous voilà avec une période d’absence non couverte au beau milieu d’un arrêt par ailleurs parfaitement réel. Sur un dossier isolé, on rattrape. Sur plusieurs arrêts longs menés de front, sans suivi des échéances, c’est le genre d’erreur qui se découvre trois mois plus tard, sur un rapprochement de paie, quand tout est devenu plus difficile à reconstituer.
Un avis en retard n’est pas une faute, un silence l’est
Puisque les prolongations vont désormais se multiplier, les retards de transmission suivront. La tentation est humaine : un employeur excédé de courir après les justificatifs finit par se demander s’il ne tiendrait pas là une faute, de quoi sanctionner, voire rompre. La réponse de la Cour de cassation est nette, et elle prend l’intuition à revers.
Le seul défaut de justification d’une prolongation ne constitue pas une faute grave, dès lors que vous avez été informé de l’arrêt de travail par le certificat initial. La logique est limpide : vous savez que le salarié est malade ; un avis qui tarde ne vous trompe pas sur la réalité de l’absence, il vous complique la gestion, ce qui n’est pas la même chose. La chambre sociale l’a jugé de longue date, et l’a maintenu jusque dans des espèces où l’employeur avait pourtant réclamé les justificatifs.
Ce que dit la Cour de cassation
Un salarié en arrêt cesse de justifier ses prolongations pendant un mois et demi, malgré les demandes de l’employeur. Faute grave ? Non, tranche la Cour de cassation : dès lors que l’employeur avait été informé de l’arrêt par le certificat médical initial, l’absence de justification de la suite ne caractérise ni faute grave, ni même cause réelle et sérieuse de licenciement (Cass. soc., 26 oct. 2010, n° 09-65.020). Quatre ans plus tard, elle casse encore la décision d’une cour d’appel qui avait retenu la faute grave d’un salarié n’ayant plus justifié son absence malgré une mise en demeure, l’employeur ayant reçu l’arrêt initial et trois avis de prolongation (Cass. soc., 28 oct. 2014, n° 13-17.429). Le message est constant : un retard de transmission se gère, il ne se sanctionne pas.
Où passe alors la limite ? Elle tient à un changement de nature. Le salarié qui, après son arrêt, cesse tout, ne répond pas à une mise en demeure de justifier son absence ou de reprendre son poste, et vous laisse dans l’ignorance de ses intentions, ne relève plus du retard : il relève de l’abandon. Dans cette hypothèse, la Cour de cassation admet la faute grave, précisément parce que l’employeur n’est plus informé de rien (Cass. soc., 13 janv. 2021, n° 19-10.437). Toute la différence est là, et elle est de bon sens : un avis en retard sur un arrêt que vous connaissez n’a rien à voir avec un salarié qui a disparu. Avant de dégainer une sanction, posez-vous donc la seule question qui vaille : suis-je informé que cet arrêt se poursuit, ou dans le noir complet ?
Le motif, lui, reste secret
La réforme apporte une nouveauté qui nourrit un espoir, qu’il faut éteindre aussitôt : à compter du 1er septembre 2026, le médecin doit justifier par écrit le motif de l’arrêt. Beaucoup d’employeurs ont cru y lire la fin du brouillard, l’accès enfin à la raison de l’absence. Il n’en est rien. Cette justification figure sur les seuls documents adressés à l’Assurance maladie, pour éclairer le contrôle médical. Sur le volet qui vous parvient, à vous, rien n’apparaît. Le secret médical sort de la réforme aussi étanche qu’il y entrait.
La conséquence pratique mérite d’être martelée, car on glisse vite de la curiosité à la faute. Vous n’avez pas le droit d’interroger le salarié sur la nature de sa maladie, ni de joindre son médecin traitant, ni de subordonner le maintien de salaire à une explication sur sa pathologie. Ce qui se contrôle, c’est la réalité et le bien-fondé de l’arrêt, par les voies dédiées que sont le contrôle médical de la caisse et la contre-visite. Le diagnostic, jamais.
Deux contrôles à ne pas confondre
C’est l’autre confusion classique, et la réforme la rend plus actuelle que jamais. Deux contrôles coexistent ; ils n’ont ni le même maître ni le même objet, et les mêler conduit à se croire des pouvoirs qu’on n’a pas.
Le premier est celui de la CPAM, et c’est lui que la réforme muscle. Au-delà de trois mois de renouvellement, le médecin prescripteur peut saisir le service du contrôle médical, qui appréciera l’opportunité de poursuivre l’arrêt. Contrôle médical, entre praticiens, sur lequel vous n’avez pas la main : il sert l’Assurance maladie, non vous, même si vous en profitez indirectement le jour où il met un terme à un arrêt qui s’éternise.
Le second est votre levier propre : la contre-visite médicale patronale. Encadrée depuis le décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024, codifié aux articles R. 1226-10 et suivants du code du travail, elle vous autorise à mandater un médecin pour vérifier qu’un arrêt est justifié, sa durée comprise. Le salarié doit vous communiquer son lieu de repos et, s’il bénéficie d’horaires de sortie libre, les créneaux où la visite peut avoir lieu. Le médecin contrôleur vous informe ensuite du caractère justifié ou non de l’arrêt, ou de l’impossibilité de contrôler si le salarié s’y est dérobé, ce qui peut vous autoriser à suspendre le complément de salaire. Là encore, aucun élément de diagnostic ne vous est livré. Cet outil exigeant obéit à une procédure stricte et se prête mal à l’improvisation ; il mérite d’être maîtrisé pour lui-même avant d’être dégainé.
Anticiper la reprise plutôt que la subir
Tout n’est pas charge dans cette réforme, à condition d’en retourner la logique. Un arrêt long mieux jalonné, c’est aussi une trajectoire plus lisible, donc une reprise qui se prépare au lieu de se subir. Vous ne pouvez pas vous immiscer dans la maladie de votre salarié ; vous pouvez tenir prêts les bons outils. La visite de pré-reprise, que le salarié, son médecin traitant ou le médecin du travail peut déclencher pendant un arrêt qui se prolonge, sert exactement à cela : anticiper un aménagement de poste, un mi-temps thérapeutique, un retour progressif, avant que l’absence ne se fige en impasse. L’employeur qui pense la reprise dès qu’un arrêt s’installe gagne sur les deux tableaux, la continuité de l’activité et la sécurité juridique, là où celui qui attend le dernier avis se retrouve à gérer un retour dans l’urgence, ou une inaptitude qu’on aurait pu désamorcer.
Et votre contrat de prévoyance ?
Un angle que presque personne ne soulève, et qui réserve parfois des surprises. Beaucoup d’entreprises couvrent l’incapacité de travail par un contrat collectif de prévoyance, qui prend le relais au-delà d’une certaine franchise et pour une durée donnée. Or ces contrats raisonnent souvent « par arrêt ». Un arrêt long désormais fragmenté en plusieurs avis successifs peut, selon la rédaction du vôtre, s’analyser autrement qu’un arrêt continu, sur le décompte de la franchise comme sur la durée d’indemnisation. Rien d’alarmant en soi, mais une vérification s’impose : un appel à votre assureur ou à votre courtier, pour confirmer que le fractionnement n’ouvre pas une faille dans votre couverture, vaut toujours mieux qu’une mauvaise découverte sur un dossier en cours.
La méthode EDS : suivre les prolongations sans rupture
Tout ce qui précède se ramène à une discipline simple, et c’est précisément là qu’une TPE sans service paie dédié peut décrocher. Le droit ne réclame de vous aucune prouesse ; il réclame de ne pas perdre le fil d’un arrêt qui arrive désormais en morceaux.
Objectif
Ne jamais se laisser surprendre par une échéance de tranche. La règle tient en une phrase : pour chaque arrêt en cours, savoir à tout instant quel avis couvre quelle période, et jusqu’à quand. Le reste n’est qu’organisation.
Tenez, pour chaque salarié en arrêt, la date de début et la date de fin prévisionnelle de la tranche en cours. C’est votre horloge. La fin de tranche approche ? Un nouvel avis doit suivre : réclamez-le avant l’échéance, non après. Relancer un salarié deux jours avant le terme de son arrêt n’a rien d’inquisiteur ; vous ne lui demandez pas pourquoi il est malade, vous lui rappelez qu’il vous faut le justificatif de la suite, dans son intérêt autant que dans le vôtre.
Datez la réception de chaque avis. Sur un arrêt fragmenté, la question qui tranche un litige n’est pas « avez-vous payé », c’est « qu’aviez-vous reçu, et quand ». Une absence couverte par un avis arrivé le 8 pour une période courant du 1er ne se traite pas comme un avis reçu à temps. Conservez la trace, l’horodatage, le canal de transmission.
Vérifiez la continuité avant de lancer la paie, non après. Un trou entre deux tranches repéré en amont se règle d’un coup de fil ; le même trou découvert sur un rapprochement trimestriel se règle en régularisation, en explication au salarié, et parfois en bras de fer avec la caisse sur la subrogation.
Archivez, enfin. Les avis, leurs dates de réception, vos relances, vos décisions de maintien ou de suspension. Ce dossier n’est pas de la paperasse défensive : c’est la seule pièce qui parlera pour vous le jour où un salarié, un assureur ou un inspecteur demandera des comptes sur une période grise. À cet égard, la réforme ne fait que rendre plus précieux ce qui l’était déjà : la trace.
Pour chaque arrêt en cours
- La date de fin prévisionnelle de la tranche en cours est-elle notée et suivie ?
- Une relance est-elle programmée avant l’échéance, pour obtenir l’avis suivant à temps ?
- La date de réception de chaque avis est-elle enregistrée ?
- La continuité entre les tranches est-elle vérifiée avant chaque paie ?
- La subrogation est-elle correctement renseignée, et les remboursements rapprochés des sommes avancées ?
- Au-delà de six mois d’arrêt, la nouvelle attestation de salaire a-t-elle été transmise ?
Les erreurs qui coûtent cher
Croire que la réforme augmente ce que vous payez est la première, et elle dépense de l’énergie au mauvais endroit : on s’inquiète de la facture, qui ne bouge pas, au lieu de surveiller le suivi, qui, lui, devient critique.
Attendre l’avis de prolongation sans le relancer en est une deuxième. Le retard d’un justificatif est désormais la situation banale, non l’exception. L’employeur qui subit les avis au lieu de les anticiper finira par maintenir un salaire à découvert, ou par suspendre à tort.
Sanctionner un retard de transmission en est une troisième, et des plus coûteuses. Un avis tardif sur un arrêt que vous connaissez n’est pas une faute ; le confondre avec un abandon de poste, c’est s’exposer à voir la sanction annulée et à devoir des rappels de salaire.
Confondre le contrôle de la CPAM et la contre-visite fait croire à des pouvoirs qu’on n’a pas. Le premier appartient à la caisse et se renforce au-delà de trois mois ; la seconde est votre outil, sous des conditions strictes. Les mêler, c’est se tromper de porte au moment d’agir.
Espérer connaître enfin le motif de l’arrêt est une illusion qui peut virer à la faute. La justification écrite du médecin part à la caisse, jamais à vous. Interroger le salarié sur sa pathologie ou contacter son médecin vous expose sans rien vous apprendre.
Oublier le contrat de prévoyance, enfin, c’est laisser un fractionnement d’arrêt creuser un trou de couverture qu’on ne découvre qu’au moment où il fait mal.
La réforme des arrêts de travail n’est ni la catastrophe de paie qu’on a annoncée, ni l’événement anodin qu’on balaie d’un revers de main. C’est un déplacement du risque : du montant vers le suivi, de la dépense vers la preuve. L’employeur qui l’a compris ne change rien à ce qu’il verse ; il change sa façon de tenir ses dossiers, et il dort tranquille. Celui qui n’a rien anticipé s’en apercevra sur un arrêt qui s’éternise, là où un arrêt long mal tenu peut, à terme, déboucher sur une rupture pour absence prolongée dont les conditions, elles, ne pardonnent aucune approximation.